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에피제네틱스 연구를 위한 EpiCypher 솔루션 이미지

에피제네틱스 연구를 위한 EpiCypher 솔루션

EpiCypher에서는 크로마틴의 효율적인 매핑을 위한 진화된 CUT&RUN, CUT&Tag 방식을 포함하여, 에피제네틱스 연구에 이용되는 항체와 누클레오좀 등을 제공합니다.

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1. 크로마틴 분석 및 매핑

 

1) CUT&RUN

 

  • 기존의 ChIP-seq 실험보다 훨씬 적은 시간과 비용으로 Histone PTM 및 염색질 상호작용 단백질 매핑
  • 세포필요량 : 5,000-500,000 cells
  • 3-5M sequencing reads로 고품질의 시퀀싱 데이터 획득
  • pAG-Mnase는 항체로 표지된 타겟 크로마틴을 선택적으로 절단 (번거로운 면역침강 단계 제거)
  • 잘린 크로마틴 조각은 용액에서 분리 후 Library prep kit를 사용하여 NGS 진행
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2) CUT&Tag

  • 기존의 ChIP-seq 실험보다 훨씬 적은 시간과 비용으로 Histone PTM 매핑
  • 단일 튜브 프로토콜을 사용하여 세포에서 라이브러리 준비까지 2일 소요
  • 세포필요량 : 10,000-100,000 cells (single cell로도 가능)
  • 5-8M sequencing reads로 고품질의 시퀀싱 데이터 획득
  • pA-Tn5 (transpose)와 Mg2+를 처리하여 항체가 붙은 타겟 크로마틴을 절단하고 시퀀싱 어댑터 tagging
  • 별도의 library step 필요없음
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2. CUTANA Antibodies


  • CUT&RUN, CUT&Tag, 혹은 ChIP 방법에 validation된 항체 제공 
  • Chromatini-Associated Protein Specific Antibody, Lysin Methyl/Acyl Specific Antibody등 제공
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3. Histone Proteins 

  • 변형되지 않은 표준 히스톤 (H2A, H2B, H3, H4) 및 히스톤 변이체 (H2AZ.1, H2AZ.2, H2AX..)를 포함하여 고순도로 재조합된 히스톤 단백질 제공 
  • 다양한 chromodomain과 bromodomain과 재조합 GST-tagged histone binding domain 제공
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4. Nucleosomes

  • rNuc: PTM이 진행되지 않은 뉴클레오솜
  • vNuc: Histone varienta를 포함하고 있는 뉴클레오솜
  • dNuc: 특정한 위치에 methylation, acetylation등의 PTM이 반영된 재조합 뉴클레오솜 
  • Mutant Nuc: 특정 histone의 아미노산기를 암유발 mutation 시퀀스로 치환한 뉴클레오솜
  • Methyl DNA Nuc:  메틸화된 DNA를 가진 뉴클레오솜
  • dCypher Nucleosome Panel : 다양한 PTM 함유 뉴클레오솜을 96well plate로 제공 
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5. EpiDyne Remodeling 

  

  • DNA 및 Nucleosome 재배치 (염색질 재배치)를 모니터링하기 위한 기질과 효소를 제공
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6. Spike-in control

  • 히스톤 PTM에 대한 항체의 특이성을 높이고 ChIP 데이터를 정규화 (normalization) 하여 보다 정확한 결과를 도모하고 technical variation 극복
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7. CUT&RUN 분석서비스

  • Cell, tissue 혹은 다양한 시료로부터 epigenetics mapping을 위한 autoCUT&RUN 분석서비스를 제공
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주문정보

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  • Ultrasensitive genomic mapping

    Ultrasensitive genomic mapping 이미지

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    크로마틴 매핑에 이용되는 CUT&RUN, CUT&Tag 와 뉴클레오솜을 소개합니다.

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