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에피제네틱스 연구를 위한 EpiCypher 솔루션 이미지

에피제네틱스 연구를 위한 EpiCypher 솔루션

Maker : EpiCypher

EpiCypher에서는 크로마틴의 효율적인 매핑을 위한 진화된 CUT&RUN, CUT&Tag 방식을 포함하여, 에피제네틱스 연구에 이용되는 항체와 누클레오좀 등을 제공합니다.

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1. 크로마틴 분석 및 매핑

 

1) CUT&RUN 

  • 기존의 ChIP-seq 실험보다 훨씬 적은 시간과 비용으로 Histone PTM 및 염색질 상호작용 단백질 매핑
  • 세포필요량 : 5,000-500,000 cells
  • 3-5M sequencing reads로 고품질의 시퀀싱 데이터 획득
  • pAG-Mnase는 항체로 표지된 타겟 크로마틴을 선택적으로 절단 (번거로운 면역침강 단계 제거)
  • 잘린 크로마틴 조각은 용액에서 분리 후 Library prep kit를 사용하여 NGS 진행
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2) CUT&Tag
  • 기존의 ChIP-seq 실험보다 훨씬 적은 시간과 비용으로 Histone PTM 매핑
  • 단일 튜브 프로토콜을 사용하여 세포에서 라이브러리 준비까지 2일 소요
  • 세포필요량 : 10,000-100,000 cells (single cell로도 가능)
  • 5-8M sequencing reads로 고품질의 시퀀싱 데이터 획득
  • pA-Tn5 (transpose)와 Mg2+를 처리하여 항체가 붙은 타겟 크로마틴을 절단하고 시퀀싱 어댑터 tagging
  • 별도의 library step 필요없음
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3) Fiber-Seq
  • DNA 서열(유전), 열린 염색질(접근성), DNA 메틸화, 단백질 결합 위치(풋프린트)를 단일 분자 수준에서 동시에 읽어내는 롱리드(Long-read) 멀티오믹스 기술
  • ATAC-seq, Bisulfite-seq, WGS 실험을 Fiber-seq 한번으로 해결
  • 단일 분자(Single-molecule) 수준의 해상도와 복잡한 구간의 정확한 매핑, 항체 없이도 footprint 확인 가능
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2. CUTANA Antibodies


  • CUT&RUN, CUT&Tag, 혹은 ChIP 방법에 validation된 항체 제공 
  • Chromatini-Associated Protein Specific Antibody, Lysin Methyl/Acyl Specific Antibody등 제공
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3. Histone Proteins 

  • 변형되지 않은 표준 히스톤 (H2A, H2B, H3, H4) 및 히스톤 변이체 (H2AZ.1, H2AZ.2, H2AX..)를 포함하여 고순도로 재조합된 히스톤 단백질 제공 
  • 다양한 chromodomain과 bromodomain과 재조합 GST-tagged histone binding domain 제공
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4. Nucleosomes


1) Modified & Mutant Nucleosomes : 특정한 위치에 PTM이 반영되었거나 Histone varient를 포함하는 등., 다양한 변형으로 치환된 뉴클레오솜 >> 자세히 보기

2)  Recombinant Nucleosomes (Unmodified) : PTM 없는 재조합 뉴클레오솜 >> 자세히 보기

3) Cell Derived Nucleosomes : 세포 유래 뉴클레오솜 >> 자세히 보기 

4) Captify Nucleosome Panels : 후성유전적 변형(PTM)이 일어난 뉴클레오솜들을 96웰 플레이트에 모아놓은 실험 키트 >> 자세히 보기

5) Nucleosome Assembly 601 Sequence DNA : 뉴클레오솜 조립용 601 서열 DNA  >> 자세히 보기 

 

 

5. EpiDyne Remodeling 

  

  • DNA 및 Nucleosome 재배치 (염색질 재배치)를 모니터링하기 위한 기질과 효소를 제공
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6. Spike-in control

  • 히스톤 PTM에 대한 항체의 특이성을 높이고 ChIP 데이터를 정규화 (normalization) 하여 보다 정확한 결과를 도모하고 technical variation 극복
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7. CUT&RUN 분석서비스

  • Cell, tissue 혹은 다양한 시료로부터 epigenetics mapping을 위한 autoCUT&RUN 분석서비스를 제공
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자료

  • Ultrasensitive genomic mapping

    Ultrasensitive genomic mapping 이미지

    [EPICYPHER]

    크로마틴 매핑에 이용되는 CUT&RUN, CUT&Tag 와 뉴클레오솜을 소개합니다.

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