CUTANA™ Quick Cleanup DNA Purification Kit | 고마바이오텍

특징

• CUT&RUN 또는 CUT&Tag DNA를 정제하고, 반응 중 원치 않는 adapter/primer dimer를 제거하는 데 사용됩니다. 
• Spin column대신 SPRI paramagnetic beads를 이용하여 더 효율적이고 많은 분석을 동시 수행할 수 있습니다.
• CUT&RUN에서는 pAG-MNase가 항체-결합 크로마틴 부위의 DNA를 절단하여 상등액에 방출하는데, 이때 Bead:DNA의 비율을 높여 다양한 길이의 DNA를 캡처합니다.
• CUT&Tag에서는 pAG-Tn5가 항체-결합 크로마틴을 절단하고 동시에 adapter DNA를 결합하여 더 긴 DNA 조각을 생성한 후, 인덱싱 PCR을 사용하여 반응 혼합물에서 바로 NGS 라이브러리를 증폭한 후 DNA 정제를 수행합니다. 이 경우에는 Bead:DNA의 비율을 낮추어 DNA 조각을 선별적으로 농축하고 시퀀싱 라이브러리를 깨끗하게 정제할 수 있습니다. 
• NGS Librabry 정제시에도 오염된 작은 조각들을 제거하는데 이용할 수 있습니다. 

Kit 구성  

• CUTANA™ 8-strip 0.2 mL Tubes (#10-0009d)
• SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc. (#21-1405d)
• 0.1X TE Buffer (#21-1025d)

실험 결과

Figure 1: CUT&RUN DNA fragment size distribution analysis

CUT&RUN was performed as described in Figure 2. CUT&RUN DNA was purified using the CUTANA™ Quick Cleanup DNA Purification Kit. Purified CUT&RUN DNA was used to prepare NGS sequencing libraries that were analyzed by Agilent TapeStation®. This analysis confirmed that the CUTANA™ Quick Cleanup DNA Purification Kit successfully enriched mononucleosomal-sized DNA in CUT&RUN (~300 bp peaks represents 150 bp nucleosomes + sequencing adapters).