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제품 상세

Antibody

6.5 - 270 kDa 범위를 커버하는 3가지 컬러 밴드를 포함하며,
최대 100%까지의 transfer 효과를 개런티하는 Prestained protein ladder를 소개합니다.

CUTANA CUT&RUN Kit는? 

  

  • ChIP-Seq은 타겟단백질이 결합된 크로마틴 부위를 침전시켜 농축하고 그 시퀀스를 NGS로 분석하는 기술입니다. 그러나 ChIP-Seq은 세포의 양이 적은 샘플의 경우 DNA를 얻기 힘들고, 노이즈 백그라운드가 높다는 한계를 갖고 있습니다. 이에 반해 CUT&RUN 시퀀싱은 온전한 세포로부터 타겟 단백질만을 잘라내는 방식으로, ChIP-Seq에 비해 적은 수의 cell 로도 분석이 가능하고, 시간이 단축되며, signal to noise ratio가 월등히 향상되어 Chromatin NGS에 효과적으로 이용될 수 있는 툴 입니다. 
  • 다양한 DNA-Interacting protein 타겟에 적용할 수 있습니다. (histone PTMs, chromatin-interacting proteins including transcription factors, epigenetic enzymes, epigenetic reader proteins, chromatin remodeling proteins)

 


특징  

 

  • CUT&RUN (Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease)에 의한 genomic mapping은 Histone 변형 및 Protein-DNA 상호 작용을 분석하고, 결합부위의 유전자를 규명하기 위해 이용됩니다.
  • Intact cell이나 핵내에 타겟에 대한 항체를 반응 시킨 후, Proteins A and/or G to Micrococcal Nuclease (pAG-MNase)가 in situ에서 항체가 결합된 chromatin만 선택적으로 자르는 특성을 이용하여 타겟만을 특이적으로 절단하므로 백그라운드가 감소됩니다.
  • ChIP-seq 실험에 비해 훨씬 적은 시간과 비용으로 고해상도로 히스톤 PTM 및 염색질 상호 작용 단백질을 매핑합니다. (데이터까지 4일 소요)
  • 적은양의 샘플(5,000개-500,000개 세포), 적은양의 sequencing reads로도 고품질의 시퀀싱 데이터를 얻을 수 있습니다.
  • 세포, 핵, 동결세포, 조직, 면역세포, crosslinked material등 다양한 시료에 따른 최적의 상세한 샘플 준비 프로토콜을 제공합니다. 
  • 4가지의 CUTANA H3K4 MetStat Spike-in Controls을 제공하여 실험 결과 및 troubleshooting시 실험의 정확도를 입증합니다. 

CUTANA H3K4 MetStat Spike-in Controls


프로토콜

1. lectin-coated 된 magnetic bead (concanavalin A (ConA) beads)에 cell을 고정하고 permeabilization화 합니다.
2. 크로마틴 타겟(ex: 히스톤 PTM 또는 크로마틴/DNA 결합 단백질)에 대한 항체를 반응시킵니다.
3. CUTANA pAG-MNase를 처리하여 타겟 nucleosome을 잘라냅니다.
4. CaCl2+를 넣으면 nucleosome complex가 유리됩니다.
5. nucleosome complex로부터 DNA를 추출 및 정제하여 sequencing library를 준비합니다.
6. NGS를 진행합니다.

CUT&RUN 원리


실험과정
Day 1) CUTANA™ CUT&RUN Kit을 이용하여 nucleosome complex를 얻습니다.
Day 2) DNA를 추출하고 NGS를 위한 library를 준비합니다. 
Day 3) NGS 시퀀싱을 진행합니다. 
Day 4) 데이터를 분석합니다.

cut&run workflow


Kit의 구성 

  • ConA Beads (21-1401)
  • SA Beads (21-1402)
  • Bead Activation Buffer (21-1001)
  • Pre-Wash Buffer (21-1002)
  • Stop Buffer (21-1003)
  • 5% Digitonin (21-1004) 
  • 1 M Spermidine (21-1005)
  • pAG-MNase (15-1016) 
  • H3K4me3 Positive Control Antibody (13-0041k)
  • Rabbit IgG Negative Control Antibody (13-0042k)
  • E. coli Spike-in DNA (18-1401)
  • CUTANA H3K4 MetStat Spike-in Controls (19-1006,19-1321,19-1334,19-1316)
  • 8-strip Tubes (10-0009k)
  • DNA Cleanup Columns (10-0010)
  • DNA Collection Tubes (10-0011) 
  • 0.5 M EDTA (21-1006)
  • 100 mM Calcium Chloride (21-1007)
  • DNA Binding Buffer (21-1008)
  • DNA Wash Buffer (21-1009)
  • DNA Elution Buffer (21-1010)


참고 데이터

1. CUTANA CUT&RUN은 S/N를 향상시키고 sequencing depth를 줄여줍니다. 

cut&run-data-노이즈최소화
A representative 350 kb region of an H3K4me1 profile in K-562 cells, generated using CUT&RUN (yellow panels), native ChIP-seq (blue panels), or crosslinked ChIP-seq (green panels). All  data were generated by EpiCypher and are expressed as reads per million (RPM). Color-coded gradient (to left) represents S/N ratios determined by genome wide analysis (bamFingerprint data, not shown).


2. CUTANA CUT&RUN는 적은수의 cell로도 high quality data를 얻을 수 있습니다. 

cut&run-결과-적은수의세포필요

In CUTANA CUT&RUN K-562 cell titration experiments, data quality is largely indistinguishable from 500,000 cells down to 5,000 cells. Genome tracks show representative regions from cell titration experiments for a variety of different targets, including a euchromatin-associated histone PTM (H3K4me3, left), heterochromatin-associated PTM (H3K27me3, middle) and a chromatin binding protein (BRD4, right).


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ChIP-seq vs. CUT&RUN vs. CUT&Tag 비교
cut&run과 chip-seq비교

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0.5 ml Elite Pre-stained Protein Ladder (2 x 0.25 ml) PAL-EPL-500 0.5ml 500
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