NGS 시퀀싱을 위한 CUTANA™ CUT&RUN Library Prep Kit | 고마바이오텍

CUTANA™ CUT&RUN Library Prep Kit은? 

• Illumina NGS 시퀀싱을 위한 DNA library 준비에 필요한 모든 제품이 포함되어 있습니다. (enzymes, indexing primers, DNA purification beads, buffers, PCR tubes)
• 특히 CUT&RUN을 이용한 크로마틴 매핑시, CUT&RUN kit와 함께 사용함으로써 cells-to-sequencing solution을 위한 간소화된 프로토콜을 제공합니다. 
• 0.5 ng 정도의 낮은 input으로도 고품질의 데이터를 제공합니다.
  

​구성품

• 8-strip tubes (10-0009k)
  
• SPRIselect reagent (21-1403)
• 0.1X TE Buffer (21-1011)
• End Prep Enzyme (15-1019)
• End Prep Buffer (21-1012)
• Adapter for Illumina (18-1000)
• Ligation Mix (15-1020)
• Ligation Enhancer (15-1021)
• U-Excision Enzyme (15-1023)
• High Fidelity 2X PCR  Master Mix (For sample indexing PCR) (15-1022)
• i5 and i7 Primers (14-1001 contains i7 primers 1-6 and 14-1002 contains i7 primers 7-12. Both kits contain i5 primers 1-8.)  (Primer  자세히 보기)

Work Flow

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실험 과정 

실험 결과 

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그림 1. 0.5ng 의 적은 인풋으로도 고품질의 시퀀싱 라이브러리 제작. ​Intergrative 500k K562 세포를 이용하여 H3K27me3 항체의 CUT&RUN을 수행한 137kb window를 Genomics Viewer(IGV, Broad Institute)을 이용하여 Gene browser를 촬영하였습니다. 라이브러리 준비 프로토콜에서 CUT&RUN DNA 인풋을 줄여 낮은 타겟 풍부도나 낮은 세포 인풋 실험을 시뮬레이션 했습니다. 데이터는 인풋에 따른 차이를 보이지 않고, Illumina NGS-ready 라이브러리 준비를 풍부하게 보였습니다.

그림 2. CUT&RUN DNA 조각 크기 분포 분석 ​500k K572세포로부터 CUTANA ChIC/CUT&RUN Kit(EpiCypher 14-1048)을 이용하여 CUT&RUN을 수행하였습니다. IgG(EpiCypher 13-0042), H3K4me3(EpiCypher 13-0041), H3K27me3(ABclonal A16199), CTCF(EpiCypher 13-2014) 항체를 이용한 반응에서 얻은 5 ng의 CUT&RUN output DNA로 CUTANA CUT&RUN Library Prep Kitfh paired-end Illumina sequencing을 위해 라이브러리를 준비했습니다. Agilent TapeStation®로 라이브러리 DNA를 분석하였습니다. 

그림 3. Representative gene browser tracks 

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 그림 4. Quality control analysis of the CUTANA™ CUT&RUN Library Prep Kit workflow.