CUT&RUN과 CUT&Tag 크로마틴 매핑 방식 비교 | 고마바이오텍

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제품 상세

CUT&RUN과 CUT&Tag 크로마틴 매핑 방식 비교 이미지

CUT&RUN과 CUT&Tag 크로마틴 매핑 방식 비교

기존의 ChIP 시퀀싱 방법에 비해 적은 수의 세포로 크로마틴 매핑을 진행할 수 있는 CUT&RUN (컷앤런) 방법과 CUT&Tag (컷앤텍) 방법을 비교하였습니다.

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CUT&RUN과 CUT&Tag은,

온전한 세포상에서 타겟 단백질이 결합된 DNA를 특이적으로 절단하여 크로마틴을 매핑하는 새로운 기술입니다.
기존의 ChIP-seq에 비해 10배 이상 적은수의 세포를 사용합니다.
크로마틴의 fragmentation, immunoprecipitation, cell lysis 과정이 필요없습니다.
까다로운 표적에 대한 크로마틴 매핑 연구에 효과적입니다.
Signal to noise ratio가 월등히 향상됩니다.

종류	CUT&RUN (Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease) 페이지 바로가기	CUT&Tag (Cleavage Under Targets & Tagmentation) 페이지 바로가기
특징	• 적은양의 시료 인풋 (5,000-500,000 cells) • 3-8M sequencing reads로 고품질의 시퀀싱 데이터 획득 • pAG-Mnase는 항체로 표지된 타겟 크로마틴을 선택적으로 절단 • 잘린 크로마틴 조각은 Library prep kit를 사용하여 NGS 진행 • 적용: Histone PTMs, chromatin-interacting protein 확인	• 적은양의 시료 인풋 (10,000-100,000 nuclei) • 5-8M sequencing reads로 고품질의 시퀀싱 데이터 획득 • pA-Tn5와 Mg2+를 처리하여 타겟 크로마틴 절단 및 시퀀싱 어댑터 tagging • 단일 튜브 프로토콜을 사용하여 세포에서 라이브러리 준비까지 2일 소요 • 적용 : Histone PTMs, validated target
실험과정	1. Magnetic ConA beads에 cell 고정 및 투과화 2. 크로마틴 타겟에 대한 항체 처리 3. pAG-MNase로 타겟 nucleosome 컷팅 4. CaCl2+로 nucleosome complex 유리 5. DNA 추출 및 정제, sequencing library 준비 6. NGS 진행	1. Magnetic ConA beads에 Nuclei 고정 2. 타겟 PTM에 대한 1차 및 2차 항체처리 3. pAG-Tn5와 Mg2+로 크로마틴 조각화 및 시퀀싱 어댑터 tagging 4. PCR 증폭 5. NGS 진행
제품넘버	• 14-1048 CUTANA™ ChIC/CUT&RUN Kit	• 14-1102 CUTANA™ CUT&Tag Kit with Primer Set 1 • 14-1103 CUTANA™ CUT&Tag Kit with Primer Set 2
킷 구성품	• CUTANA™ pAG-MNase (#15-1016) • H3K4me3 Antibody (#13-0041k) • CUTANA™ Rabbit IgG CUT&RUN Negative Control Antibody (#13-0042k) • SNAP-CUTANA™ K-MetStat Panel (#19-1002k) • CUTANA™ Concanavalin A Conjugated Paramagnetic Beads (#21-1401) • CUTANA™ E. coli Spike-in DNA (#18-1401) • CUTANA™ CUT&RUN 8-Strip 0.2 mL Tubes (#10-0009a) • Bead Activation Buffer (#21-1001) • Pre-Wash Buffer (#21-1002) • Stop Buffer (#21-1003) • 5% Digitonin (#21-1004k) • 1 M Spermidine (#21-1005) • 0.5 M EDTA (#21-1006) • 100 mM Calcium Chloride (#21-1007) • 0.1X TE Buffer (#21-1025) • SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc. (#21-1405)	• CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag (#15-1017) • H3K27me3 Antibody (#13-0055t) • CUTANA™ Rabbit IgG CUT&RUN Negative Control Antibody (#13-0042t) • Anti-Rabbit Secondary Antibody (#13-0047) • SNAP-CUTANA™ K-MetStat Panel (#19-1002t) • CUTANA™ Concanavalin A Conjugated Paramagnetic Beads (#21-1401) • CUTANA™ Non-Hot Start 2X PCR Master Mix for CUT&Tag (#15-1018) • CUTANA™ CUT&RUN 8-strip 0.2 mL Tubes (#10-0009t) • 4.5 M NaCl (#21-1013) • 0.5 M EDTA (#21-1014) • 1 M MgCl2 (#21-1015) • TAPS Buffer (#21-1016) • SDS Release Buffer (#21-1017) • SDS Quench Buffer (#21-1018) • 0.1X TE Buffer (#21-1019) • Pre-Wash Buffer (#21-1020) • Pre-Nuclear Extraction Buffer (#21-1021) • Bead Activation Buffer (#21-1022) • 5% Digitonin (#21-1023) • 1 M Spermidine (#21-1024) • SPRIselect reagent manufactured by Beckman Coulter, Inc (#21-1404) • Multiplexing Primers (#14-1102 / 14-1103)
테스트횟수	• 48 reactions	• 48 reactions
추가필요	• 14-1001 CUTANA™ CUT&RUN Library Prep Kit with Primer Set 1 • 14-1002 CUTANA™ CUT&RUN Library Prep Kit with Primer Set 2 • 14-0050 CUTANA™ DNA Purification Kit • 10-0008 Magnetic Separation Rack, 0.2 mL Tubes • 10-0012 Magnetic Separation Rack, 1.5 mL Tubes • 13-0042 CUTANA™ IgG Negative Control Antibody (개별구매시)	• 10-0008 Magnetic Separation Rack, 0.2 mL Tubes • 10-0012 Magnetic Separation Rack, 1.5 mL Tubes • 13-0042 CUTANA™ IgG Negative Control Antibody (개별구매시) • 13-0048 Anti-Mouse Secondary Antibody for CUTANA™ CUT&Tag (개별구매시) • 13-0047 Anti-Rabbit Secondary Antibody for CUTANA™ CUT&Tag (개별구매시)

ChIP-seq vs. CUT&RUN vs. CUT&Tag (ChIP-seq을 대체하는 차세대 크로마틴 매핑기술 비교)

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