1. AccuBlue® NextGen 시료의 시그널이 너무 낮게 측정되는 문제의 이유는 무엇인가요?
AccuBlue® NextGen의 최적 최대 흡수 파장 및 최대 방출 파장은 468/507 nm로, 다른 AccuBlue® 염색시약들과 다릅니다. 따라서 최적의 신호 대 잡음비(S/N비)를 얻으려면 형광 플레이트 리더기(Fluorescence Plate Reader)의 Gain 설정을 조정해야 할 수 있습니다.
2. CLARIOstar 형광 플레이트 리더기에는 어떤 DNA 또는 RNA 정량 키트를 사용할 수 있나요?
Biotium사의 모든 DNA 및 RNA 정량 키트는 CLARIOstar 리더기와 함께 사용할 수 있으며, Biotium사에서도 또한 해당 모델로 정기적인 테스트를 진행하고 있습니다. 예를 들어, CLARIOstar는 가장 넓은 Dynamic Range를 가진 AccuClear® dsDNA 정량 키트뿐만 아니라, 가장 높은 민감도를 자랑하는 AccuBlue® NextGen dsDNA 정량 키트와도 함께 사용했을 때 매우 우수한 결과를 보여줍니다.
3. 짧은 dsDNA를 정량하는 데 AccuBlue®, AccuClear® 또는 AccuGreen™ 키트를 사용할 수 있나요?
AccuClear®, AccuBlue® 및 AccuGreen™ DNA 정량 키트는 분자량이 큰 dsDNA standard를 사용하므로, 분자량이 큰 DNA를 정량할 때 가장 정확합니다. 모든 DNA 정량 어세이는 어느 정도 DNA 길이에 영향을 받지만, 특정 어세이들은 다른 제품에 비해 짧은 dsDNA 단편을 더 정확하게 측정할 수 있습니다.
4. 25 ~ 500 bp 사이의 단편을 정량하는 경우, 어떤 킷트가 가장 좋을까요?
AccuBlue® High Sensitivity Assay가 가장 정확합니다. 단편의 형광 값이 게놈 DNA(gDNA) 형광 값의 약 80% 수준으로 나타나며, 길이나 농도에 상관없이 일정한 결과를 보여줍니다.
AccuBlue® Broad Range Assay 역시 길이나 농도에 관계없이 일정한 결과를 보여주며, 형광 값은 게놈 DNA의 약 60% 수준입니다.
AccuGreen™ High Sensitivity Assay는 100 bp 이상의 단편에서 게놈 DNA 형광 값의 약 80% 수준으로 일정한 신호를 냅니다. 다만 이는 DNA 양이 10~100 ng 범위일 때만 해당합니다. 이보다 적은 양에서는 작은 DNA 단편들이 일관성 없게 정량되었습니다.
AccuClear® Assay는 DNA 단편의 길이나 농도에 따라 결과의 변동성이 더 큽니다. 따라서 이 방법은 짧은 dsDNA 단편 측정용으로 권장하지 않습니다.
5. 형광 DNA/RNA 정량 키트는 어떤 장비와 함께 사용할 수 있나요? Qubit®에서도 작동하나요?
AccuGreen™ DNA 정량 키트는 Qubit® 플루오로미터에서 사용하도록 설계되었습니다.
6. 샘플 내 불순물이 섞여 있으면 결과에 영향을 미치나요?
이 키트들은 일반적인 불순물에 대한 내성(Tolerance)이 좋아, 불순물에 의한 신호 간섭(Interference)이 적습니다.
7. 형광 기반 분석 키트를 사용할 때 더 적은 부피(Volume)로 실험해도 되나요? 384웰 플레이트에서도 실험이 가능한가요?
네, 384웰 플레이트에 맞게 실험 스케일을 줄여서 진행할 수 있습니다. 모든 시약과 DNA의 부피를 비율에 맞게 똑같이 줄이시면 됩니다. DNA, 형광 염색시약(Dye), 그리고 Enhancer (해당되는 경우)의 혼합 비율은 기존 표준 96웰 프로토콜과 동일하게 유지해야 합니다. 다만, 96웰 플레이트를 사용하면서 반응 부피를 200 ul 미만으로 줄일 경우에는 시그널이 낮아질 수 있습니다.
8. 이 정량 키트는 dsDNA에 얼마나 특이적인가요?
이 키트에 사용된 형광 염색시약(Dye)들은 dsDNA에 선택적으로 반응합니다. 하지만 RNA나 ssDNA(단일가닥 DNA)에도 어느 정도 결합할 수 있습니다. 따라서 가장 정확하게 정량하려면 가급적 RNA나 ssDNA가 섞이지 않은, 최대한 깨끗하게 정제된 dsDNA 샘플을 사용하는 것을 권장합니다. RNA 및 ssDNA 결합(간섭)에 대한 더 자세한 정보는 제품 정보 안내서(Product Information Sheet)를 참고해 주시기 바랍니다.
9. Biotium DNA 정량 키트들의 안전성 특성은 어떠한가요?
AccuBlue® High Sensitivity 염색시약은 살아있는 세포의 세포막을 통과하지 못하는 특성을 가지고 있습니다. 반면, (타사의) PicoGreen® 시약은 세포 내로 쉽게 들어가는 것으로 나타났습니다. Biotium의 다른 DNA 정량 키트에 사용된 시약들에 대해서는 아직 이와 같은 세포막 투과성 테스트를 진행하지 않았습니다.
10. Enhancer를 반드시 사용해야 하나요?
DNA 정량 키트 중 일부에는 DNA 정량 염색시약(Dye) 외에 Enhancer가 함께 포함되어 있습니다. 이러한 키트들은 민감도(Sensitivity)와 직선성(Linearity)을 유지할 수 있도록 Enhancer 사용에 맞춰 최적화되어 있습니다. 따라서 Enhancer를 빼고 실험하시면 분석 결과에 영향을 미칠 수 있습니다.
11. 반드시 검은색 플레이트를 사용해야 하나요?
Well과 well 사이의 신호 간섭(Cross-over, 빛이 옆 칸으로 번지는 현상)을 최소화하기 위해 검은색 플레이트를 사용하는 것을 강력히 권장합니다. 사용하시는 측정 리더기의 사양에 따라, 전체가 검은색인 플레이트를 사용하거나 벽면은 검은색이고 바닥만 투명한 플레이트(Black-walled, Clear-bottom plate)를 사용할 수 있습니다.
12. Thermo Fisher Scientific사의 Quant-iT™ 및 Qubit® 키트를 대체할 수 있는 가장 좋은 제품은 무엇인가요?
마이크로플레이트 리더기를 사용하여 pg 단위의 극미량 DNA를 검출하려는 경우, AccuBlue® NextGen dsDNA 정량 키트(검출 범위: 2.5 pg ~ 3 ng dsDNA)를 추천합니다. 이 키트는 96웰 어세이 포맷에서 PicoGreen®보다 높은 정확도와 민감도를 자랑합니다.
또한, 범용으로 쓰기에 아주 좋은 AccuClear® Ultra High Sensitivity dsDNA 정량 키트도 있으며, 이 제품은 높은 민감도와 함께 넓은 직선 검출 범위(30 pg ~ 250 ng dsDNA)를 제공합니다.
AccuBlue® Broad Range RNA 정량 키트는 5 ~ 1000 ng RNA의 넓은 직선 범위를 가지고 있어, Thermo Fisher Scientific사의 Quant-iT™ RNA 키트와 Quant-iT™ RNA Broad Range 키트 모두의 측정 범위를 아우릅니다. 이 키트는 근적외선 형광(Ex/Em 630/660 nm) 검출 기능이 있는 형광 마이크로플레이트 리더기나 Qubit® 장비의 'RNA Broad Range' 프로그램과 함께 사용할 수 있습니다.
만약 Qubit® 플루오로미터를 보유하고 계신다면, Qubit® 전용으로 설계된 다음 키트들을 추천합니다:
- AccuGreen™ High Sensitivity dsDNA 정량 키트는 Qubit® dsDNA HS Assay Kit를 직접 대체할 수 있는 제품입니다.
- AccuGreen™ Broad Range dsDNA 정량 키트는 Qubit® dsDNA BR Assay Kit를 대체할 수 있는 제품입니다.
- AccuBlue® Broad Range RNA 정량 키트는 Qubit® 장비에 내장된 'RNA Broad Range' 프로그램을 사용하도록 최적화되어 있습니다.
13. 왜 어떤 키트 사이즈에는 표준품(Standard)이 한 가지만 들어있고, 다른 키트에는 여러 개의 표준품 세트가 들어있나요?
제품 가격을 최소화하기 위해, 체험용(Trial size) 키트에는 단 한 가지 종류의 DNA 표준 원액과 이를 희석해서 표준품 세트를 만드는 방법이 함께 제공됩니다. 반면 대부분의 정품 키트에는 미리 농도별로 만들어진 표준품 세트가 기본으로 포함되어 있습니다.단, AccuBlue® NextGen 키트는 예외입니다. 이 제품은 정품이더라도 10 ng/ul 짜리 고농도 표준품 1가지만 제공되며, 실험에 필요한 낮은 농도로 희석해서 쓰는 방법이 안내되어 있습니다. 연구 결과, 낮은 농도로 미리 희석해 둔 DNA 용액은 장기간 보관 시 안정성이 떨어져 쉽게 변질된다는 점을 발견했기 때문입니다.
14. DNA 표준품(Standard)만 별도로 구매할 수 있나요?
네, 일부 키트 제품군의 표준품은 따로 구매가 가능합니다. AccuBlue® High Sensitivity 표준품 세트(#31006C) 또는 AccuBlue® Broad Range 표준품 세트(#31007C)를 단품으로 구입하실 수 있습니다. 또한 AccuClear® Ultra High Sensitivity 어세이의 최고 농도 표준품인 25 ng/ul DNA 표준품(#31029C)도 제공하고 있습니다. 그리고 RNase가 없는 상태의 1 mg/mL 고농도 DNA(#31065)도 별도로 구매 가능합니다.
15. 반드시 송아지 흉선(Calf thymus) DNA 표준품을 사용해야 하나요?
아닙니다. 분석하려는 샘플과 가장 유사한 DNA 표준품을 사용하는 것을 권장합니다. 예를 들어, 박테리아(세균) DNA의 양을 정량할 때는 Lambda DNA를 표준품으로 사용하는 것이 더 적절할 수 있습니다.