CUTANA™ DNA 정제 비즈는 고체상 가역 고정화(SPRI) 기술을 활용하여 고수율의 DNA를 신속히 정제하고, NGS 라이브러리 준비 및 기타 유전체 실험 워크플로우에 적합한 정확한 사이즈의 DNA를 선택합니다. 최적화된 PEG와 염 농도는 DNA가 자성 비즈에 효율적이고 재현성 있게 결합되도록 하여, 왜곡 없는 정확한 결과와 오염 없이 뛰어난 회수율을 보장합니다.
대표적인 겔 이미지는 CUTANA™ DNA 정제 비즈와 경쟁사 A를 사용하여 생성된 다양한 크기의 DNA 단편 회수 결과를 보여줍니다.
CUTANA™ DNA 정제 비즈는 자성 비즈 기반 DNA 정제 프로토콜에 따라 처리되었으며, GeneRuler 50 bp DNA Ladder (ThermoFisher Scientific, SM0371)를 사용하여 비즈 대 샘플 비율 0.8배에서 1.8배 범위로 실험이 수행되었습니다. 정제된 DNA는 Agilent TapeStation에서 분석되었습니다.
CUTANA™ DNA 정제 비즈는 CUT&RUN 실험에서 경쟁사 A의 비즈와 동등한 성능을 보입니다.
500,000개의 K562 세포를 사용하여 CUTANA™ ChIC/CUT&RUN Kit v5 (EpiCypher 14-1048)로 CUT&RUN 실험을 수행했으며, 0.5 µg의 항체를 각각 사용했습니다:
음성 대조군: IgG (EpiCypher 13-0042)
양성 대조군: H3K4me3 (EpiCypher 13-0060), H3K27me3 (EpiCypher 13-0055)
실험 항체: CTCF (EpiCypher 13-2014)
DNA 정제에는 CUTANA™ DNA Purification Beads(Application Note 참조) 또는 경쟁사 A의 비즈를 사용했습니다. 라이브러리 준비는 정제된 DNA가 5 ng 이상일 경우 5 ng을, 그보다 적을 경우 전량을 사용하여 CUTANA™ CUT&RUN Library Prep Kit (EpiCypher 14-1001/14-1002)로 수행했습니다.
라이브러리는 Illumina NextSeq2000에서 paired-end (2x50 bp) 방식으로 시퀀싱되었습니다.
샘플별 시퀀싱 깊이는 다음과 같습니다:
IgG: 12.5M / 15.1M reads (CUTANA / 경쟁사 A)
H3K4me3: 14.1M / 18.8M reads
H3K27me3: 16.4M / 13.5M reads
CTCF: 14.0M / 14.1M reads
시퀀싱 데이터는 hg38 인간 게놈에 Bowtie2를 이용해 정렬했으며, 중복 리드, 다중 정렬 리드, ENCODE DAC 제외 영역(DAC Exclusion List)은 필터링하여 제거했습니다.
유전자 브라우저 이미지(gene browser shots)는 IGV (Integrative Genomics Viewer, Broad Institute)를 사용해 생성했으며, 대표적인 유전체 위치(loci) 2곳이 결과로 제시되었습니다.
CUTANA™ DNA 정제 비즈는 CUT&Tag 실험에서 경쟁사 A 비즈와 동등한 성능을 보입니다.
100,000개의 K562 핵(nuclei)을 사용하여 CUTANA™ CUT&Tag Kit v3 (EpiCypher 14-1102/14-1103)로 CUT&Tag 실험을 수행했고, 0.5 µg의 항체가 사용되었습니다:
음성 대조군: IgG (EpiCypher 13-0042)
양성 대조군: H3K4me3 (EpiCypher 13-0060), H3K27me3 (EpiCypher 13-0055)
실험 항체: CTCF (EpiCypher 13-2014)
PCR 정제 단계에서는 CUTANA™ DNA Purification Beads(Application Note 참조) 또는 경쟁사 A의 비즈를 사용했습니다.
라이브러리는 Illumina NextSeq2000에서 paired-end (2x50 bp) 방식으로 시퀀싱되었고, 샘플별 시퀀싱 깊이는 다음과 같았습니다:
IgG: 15.6M / 13.1M reads (CUTANA / 경쟁사 A)
H3K4me3: 12.1M / 14.4M reads
H3K27me3: 18.2M / 14.3M reads
CTCF: 13.7M / 13.6M reads
시퀀싱 데이터는 hg38 인간 유전체에 Bowtie2를 사용해 정렬되었고, 중복 리드, 다중 정렬된 리드, ENCODE DAC 제외 영역(DAC Exclusion List regions)는 필터링하여 제거했습니다.
유전자 브라우저 이미지는 IGV (Integrative Genomics Viewer, Broad Institute)를 사용해 생성되었으며, 대표적인 유전체 위치 2곳(loci)이 결과로 제시되었습니다.