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제품 상세
Fluorescent light-up Aptamers 이미지

Fluorescent light-up Aptamers

Light-up Aptamer 기술은 real time RNA 유전자 전사와 RNA trafficking 관찰등에 유용합니다. 살아있는 세포에서 RNA 전사할 때에만 빛이 나는 fluorogen을 제공합니다.

Light-up Aptamer란? 

 

Light-up aptamer 혹은 Fluorescent light-up aptamer (FLAP)는 유전적으로 인코딩된 RNA 이미징 플랫폼으로, 결합 상태에서만 "light-up"하는 특정 형광 염료와 결합하여, RNA 발현시에만 형광 스위치가 켜지도록 디자인되어 있습니다. Light-up aptamer는 GFP와 같은 형광 단백질의 RNA counterpart로 생각될 수 있습니다.  Light-up aptamer 종류로는 색상을 따서 명명된 Spinach, Mango, Corn and Broccoli 등이 있습니다. 

 

 

원리  

 

Light-up RNA Aptamer 시퀀스는 관심 RNA 서열에 유전적으로 엔지니어링되고, host cell의 환경에서 RNA로 전사됩니다. 이때 높은 친화성을 갖는 fluorogen을 추가하면 Light-up RNA Aptamer에 붙게되고, 밝은 형광을 방출합니다. fluorogen은 결합되지 않은 상태에서는 비형광으로 존재하다가 aptamer에 결합하면 fluorogen에 가해진 구조적 변화로 인해 excitation energy에 의해 밝은 형광을 생성하게 됩니다. 

  


Light-up RNA Aptamer Principles: 

A correctly folded Light-up Aptamer conformationally constrains a cognate fluorogen (e.g. DHFO Cat. No. 6434) to become highly fluorescent.

 

 

장점 

 

  • Signal-to-noise ratio가 매우 높습니다.
  • 형광 신호가 매우 밝습니다.
  • Light-up aptamers는 작은 RNA tag이기 때문에, 세포 기능을 방해할 경향이 낮습니다.
  • 유전자 전사를 RNA 수준에서 빠르고 직접적으로 측정하고, RNA 위치와 프로모터 활성을 실시간으로 정확하게 관찰할 수 있습니다. GFP는 자극 후 단백질로 발현되기까지 최대 30분이 소요될 수 있습니다.

 


적용  

 

Light-up 압타머 시스템은 살아있는 세포에서 코딩 RNA와 논코딩RNA의 이미징과 기능 감별을 하는 데에 적합합니다. mRNA, miRNA, tRNA, 그리고 snoRNA를 감지하고 분석하는 데에 쓰입니다. SELEX를 통해, Light-up Aptamers는 real time RNA 유전자 전사와 RNA trafficking 관찰,  대사체와 단백질 감지, RNA와 RNP 정제와 더불어 고성능 신약 스크리닝 등  다양한 범위의 적용에 쓰입니다.

 


Examples of Light-up RNA Aptamer Applications: 

A) Monitoring gene expression and RNA imaging: the RNA of interest is tagged with a light-up RNA aptamer (light blue structure) and it is expressed in cells; a fluorogen (orange pentagon) binds to the RNA aptamer tag and becomes highly fluorescent for RNA imaging and RNA analysis. B) Metabolite sensor or riboswitch: a metabolite (green heptagon) binds an aptamer, stabilizing the light-up aptamer conformation, allowing the fluorogen to bind. Fluorogen becomes highly fluorescent. C) RNA sensor: the RNA of interest binds and stabilizes the light-up RNA aptamer conformation, allowing the fluorogen to bind; the fluorogen becomes highly fluorescent. Image adapted from Neubacher and Hennig (2019). 

 

  

스펙트럼 

 

Fluorogen Light-up RNA Kd (nM) λEx (nM) λEm (nM) Absorption coefficient (ε) (M-1/cm) Complex quantum yield (φ) Brightness
DFHBI #5609 Spinach Aptamer 540 469 501 24300 0.72 17.5
DFHBI 1T #5610 Spinach 2 Aptamer 560 482 505 31000 0.94 29.1
DFHBI #5609 Broccoli Aptamer 360 472 507 29600 0.94 27.8
DFHBI 2T Spinach2 Aptamer 1300 500 523 29000 0.12 3.48
TO-1 Mango Aptamer 3 510 535 77500 0.14 10.85
BI #7466 Broccoli Aptamer 51 470 505 33600 0.67 22.5
OBI Red Broccolli Aptamer 23 541 590 47300 0.67 31.7
DFHO #6434 Corn Aptamer 70 505 545 29000 0.25 7.25
DFHO #6434 Orange Broccoli Aptamer 230 513 562 34000 0.28 9.5
DFHO #6434 Red-Broccoli Aptamer 206 518 582 35000 0.34 11.9
SiRA 2 SiRA 430 649 662 86000 0.98 84.3
TMR-DN RhoBAST 15 564 590 96000 0.57 54.7
HBC 530 #7277 Pepper Aptamer 3.5 485 530 65300 0.66 43.1

 

   

주요 제품

 

Product Cat. No. Action
BI dihydrochloride 7466 DFHBI derivative for imaging of RNA in living cells that bind Broccoli aptamers
DFHBI 5609 GFP fluorophore mimic for imaging RNA in living cells; activated by binding Spinach2 and Broccoli aptamers
DFHBI 1T 5610 GFP fluorophore mimic for imaging RNA in living cells; activated by binding Spinach2 and Broccoli aptamers
DFHO 6434 RFP fluorophore mimic for imaging RNA in living cells; activated by binding Corn aptamers
HBC 530 7277 GFP fluorophore mimic for imaging RNA in live cells; activated by binding to Pepper aptamers

 

 

사용 논문

 

  • Ouellet J. (2016) RNA fluorescence with Light-Up Aptamers. Front.Chem. 4 29. PMID: 27446908
  • Swetha et al. (2020) Genetically encoded light-up RNA aptamers and their applications for imaging and biosensing. J.Mater.Chem.B. doi: 10.1039/c9tb02668a. [Epub ahead of print] PMID: 31984401
  • Neubacher and Hennig (2019) RNA Structure and Cellular Applications of Fluorescent Light-Up Aptamers. Angew.Chem.Int.Ed.Engl. 58 1266. PMID: 0102012
  • Cawte et al (2020) Live cell imaging of single RNA molecules with fluorogenic Mango II arrays. Nat.Comm. 11 1283. PMID: 32152311
  • Bouhedd et al, (2018) Light-Up RNA Aptamers and Their Cognate Fluorogens: From Their Development to Their Applications. Int. J. Mol. Sci. 1 44. PMID: 2929553

 

 


주문정보

주문정보 - Cat No, PRODUCT, SIZE, 수량 등 항목으로 구성되어있습니다.
  Product Cat.No. Size Maker Qty Data Sheet MSDS
BI dihydrochloride BI hydrochloride BI hydrochloride 7466 10 mg TOCRIS
DFHBI (10 mg) 5609 10 mg TOCRIS
DFHBI (50 mg) 5609 50 mg TOCRIS
DFHBI 1T (10 mg) 5610 10 mg TOCRIS
DFHO (10 MG) 6434 10 mg TOCRIS
DMHBO+ 7764 10 mg TOCRIS
HBC 530 (60 UG) 7277 60 ug TOCRIS
SiRA 2 7544 60 µg TOCRIS
TBI 7660 10 mg TOCRIS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
7466
Product
BI dihydrochloride BI hydrochloride BI hydrochloride
Size
10 mg
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
5609
Product
DFHBI (10 mg)
Size
10 mg
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
5609
Product
DFHBI (50 mg)
Size
50 mg
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
5610
Product
DFHBI 1T (10 mg)
Size
10 mg
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
6434
Product
DFHO (10 MG)
Size
10 mg
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
7764
Product
DMHBO+
Size
10 mg
Qty
Data Sheet
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Maker
TOCRIS
Cat.No.
7277
Product
HBC 530 (60 UG)
Size
60 ug
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
7544
Product
SiRA 2
Size
60 µg
Qty
Data Sheet
MSDS
Maker
TOCRIS
Cat.No.
7660
Product
TBI
Size
10 mg
Qty
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