특징
- UV 램프나 비싼 형광 이미지 장비 없이, 5-30분간 일반 밝은 빛에 노출 시킨 뒤 육안으로 파란색 밴드를 바로 볼 수 있는 Nucleic acid 염색 시약 입니다.
- 세포를 손상시키고 화상을 입힐 수 있는 위험한 UV(자외선)를 쓰지 않기 때문에, 무거운 보호 장구나 보안경을 쓸 필요가 없어 실험자가 안전합니다.
- 일반적인 가시광선 염색약은 감도가 떨어지는 경우가 많지만, 이 제품은 단 1ng(나노그램) 정도의 극소량 DNA까지 검출해 낼 수 있습니다.
- 실험실에서는 원하는 DNA 밴드만 칼로 잘라내는 작업을 자주 합니다. 이때 UV를 쬐면 DNA가 손상되어 다음 실험이 망가지기 쉬운데, 이 시약은 가시광선을 쓰므로 DNA 손상 없이 안전하게 밴드를 잘라낼 수 있습니다.
- 색이 한 번 발색되면 몇 주 동안 밴드가 선명하게 유지됩니다.
- 클로닝(Cloning)이나 시퀀싱(Sequencing) 같은 다음 단계 실험에 그대로 쓸 수 있습니다. 일반적인 실리카 기반의 DNA 추출 키트(Gel Extraction Kit)를 사용하면 DNA에서 염색약이 깨끗하게 제거됩니다.
- 아가로스 겔(Agarose gel)과 폴리아크릴아마이드 겔(Polyacrylamide gel) 모두에 사용할 수 있습니다.
- LI-COR® Odyssey®나 그외 near-IR imaging system에 사용됩니다.
- DNAzure® 2.0은 오리지널 DNAzure® 시약보다 더 강한 신호(Signal)와 높은 민감도를 제공합니다.
주요 제품
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| Product |
DNAzure® Blue Nucleic Acid Gel Stain, 100X |
DNAzure® 2.0
Visible Blue DNA Gel Stain Kit |
| Cat. No. |
41020 (10ml) |
41045-T (4 gels 염색)
41045 (20 gels 염색) |
| 민감도 & 신호 세기 |
우수함 (~1 ng 검출) |
더 강력한 신호와 향상된 민감도 (~1 ng 검출) |
| 제품 구성 및 형태 |
단일 시약 (Single dye solution) |
• Component A, 100X
• Component B, 100X
• Component C, 10X
• 6X DNA Loading Buffer (Orange) |
| 로딩 버퍼 포함 여부 |
미포함 (별도 준비 필요) |
6X Orange Loading Buffer 기본 포함
(푸른 밴드를 가리지 않는 맞춤형 버퍼) |
| 조성(Formulation) |
초기 오리지널 조성 |
가시적인 염색 효과를 극대화한 새롭고 개선된 조성 |
실험 데이터
그림 1. DNAzure와 GelRed의 비교
맨눈으로 보는 DNAzure® 염색법과 형광 기반의 GelRed® 염색법의 DNA 검출 성능을 비교한 실험입니다.
Biotium 사의 1 kb DNA ladder를 200 ng부터 25 ng까지 각 lane 별로 2배씩 순차 희석하여 1% 아가로스 겔에 로딩했습니다. 각 lane에 표시된 수치는 500 bp(염기쌍) 크기 밴드의 DNA 양을 나타냅니다.
왼쪽 겔 (DNAzure®): 겔을 DNAzure® Blue Nucleic Acid Gel Stain (#41020)으로 25분간 염색한 후, Glo-Plate™ 청색 LED 광원 장치를 사용해 30분 동안 눈에 보이는 푸른색 DNA 밴드를 발색시켰습니다. 그 후 백색광 패널(White light box) 위에 겔을 올려놓고 일반 스마트폰 카메라로 촬영했습니다.
오른쪽 겔 (GelRed®): 겔을 3배 농축된(3X) GelRed® Nucleic Acid Gel Stain으로 60분간 염색했습니다. 그 후 자외선 투과 장치(UV transilluminator)와 EtBr 필터가 장착된 실험실 전용 UVP GelDoc-It® 이미지 분석 장비로 촬영했습니다.
그림 2. 동일한 DNAzure® 염색 겔에서 가시광선 검출과 근적외선 형광 검출의 비교
동일한 DNAzure® 염색 겔을 사용하여 눈으로 보는 가시광선 이미지와 근적외선(Near-IR) 형광 이미지의 검출 능력을 비교한 실험입니다. Biotium 사의 완제품 형태(Ready-to-Use) 1 kb DNA ladder를 200 ng부터 3.125 ng까지 각 lane별로 2배씩 순차 희석하여 1% 아가로스 겔에 로딩했습니다. 각 lane에 표시된 수치는 화살표로 표시된 1,500 bp(염기쌍) 크기 밴드의 DNA 양을 나타냅니다.
이 겔을 DNAzure® Blue Nucleic Acid Gel Stain으로 30분 동안 염색한 후, 백색 LED 램프를 사용하여 30분 동안 눈에 보이는 푸른색 DNA 밴드를 발색시켰습니다.
왼쪽 (가시광선 이미지): 백색광 변환 판(White light converter plate)과 Visi-Blue™ 필터가 장착된 자외선 투과 장치(UV transilluminator)를 사용하여 UVP GelDoc-It® 이미지 분석 시스템으로 촬영한 푸른색 밴드 이미지입니다.
오른쪽 (근적외선 형광 이미지): LI-COR® Odyssey® 근적외선 이미지 분석 시스템의 700 nm 채널로 촬영한 형광 이미지입니다. 겔은 앞면이 아래로 가도록 뒤집어 놓았으며, 기기 Gain 값은 8로 설정하여 촬영했습니다. (DNAzure®로 염색된 밴드는 Odyssey®의 800 nm 채널에서도 형광을 발하지만, 여기서는 보여주지 않았습니다.)
그림3. 빛 노출에 따른 DNAzure® 2.0의 가시적인 색상 발색 시계열(Time course) 실험
빛에 노출되는 시간에 따라 DNAzure® 2.0의 푸른색 밴드가 어떻게 발색되는지 시간 경과별로 관찰한 실험입니다.
그림에 표시된 양만큼의 Biotium 사 1 kb DNA ladder를 1% 아가로스/TBE 겔에서 전기영동으로 분리한 후, DNAzure® 2.0으로 염색했습니다. 그 후 겔을 Glo-Plate™ 장치 위에 올려놓고 표시된 시간 동안 빛에 노출시켰으며, 각 시간대별로 겔을 사진 촬영했습니다.
빨간색 네모 상자로 표시된 500 bp(염기쌍) 크기의 밴드에는 단 0.6 ng(나노그램)의 DNA가 포함되어 있습니다.
그림 4. DNAzure와 DNAzure version 2의 비교
DNAzure® 2.0 Visible Blue DNA Gel Stain Kit는 오리지널 DNAzure® Blue Stain보다 더 강한 신호(Signal)와 높은 민감도(Sensitivity)를 나타냅니다.
그림에 표시된 양만큼의 1 kb DNA ladder를 동일하게 두 세트 준비하여 1% 아가로스/TBE 겔에서 전기영동으로 분리했습니다. 겔의 절반은 DNAzure® 2.0으로 염색했고(왼쪽), 나머지 절반은 오리지널 DNAzure®로 염색했습니다(오른쪽).
그 후 Glo-Plate™ 백색 광활성화 장치 위에 겔을 올려놓고 60분 동안 색을 발색시켰습니다. 색상 전개가 끝난 겔은 LICORbio® Odyssey® M 이미지 분석 시스템의 630 trans(가시광선 컬러) 채널을 통해 스캔했습니다.
빨간색 네모 상자로 표시된 500 bp(염기쌍) 크기의 밴드에는 단 0.3 ng(나노그램)의 DNA가 포함되어 있습니다.
그림 5. DNAzure® 2.0을 사용한 DNA PAGE 겔 염색
낮은 분자량 DNA ladder를 농도별로 희석하여 10% 아크릴아마이드/1X TBE 미니 겔에서 전기영동으로 분리했습니다. 이 겔을 DNAzure® 2.0으로 염색한 후, Glo-Plate™ 백색 광활성화 장치에 15분 동안 노출시켜 맨눈으로 보이는 색상을 발색시키고 사진을 촬영했습니다. 이후 동일한 겔을 실온의 물속에 일주일 동안 보관한 뒤, LICORbio® Odyssey M 이미지 분석 시스템을 사용해 가시광선 컬러 채널(630 trans)과 근적외선 형광 채널(700 channel)로 각각 스캔했습니다.
네모 상자로 표시된 밴드들의 DNA 양은 350 bp(염기쌍) 밴드가 1 ng, 50 bp 밴드가 3 ng입니다.