1. riboPOOL은 기존의 ribosomal RNA (rRNA) depletion solution과 어떻게 다른가요?
riboPOOL은 독점 알고리즘으로 설계된 biotinylated DNA probe pool로, 다른 솔루션과 비교하여, polyA 의존성이 없고, 효소가 필요 없으며, 효율이 높고 단일/다중 species에서 rRNA 또는 기타 풍부하게 존재하고 있는 RNA를 제거하는데 사용할 수 있습니다.
2. Pan-riboPOOL과 single-species riboPOOL 중 어떤 것이 더 rRNA depletion에 효과적인가요?
riboPOOL은 single species에서 95% 이상의 rRNA depletion 효과를 가집니다. 여러 species에 대한 Pan-riboPOOL은 다양한 종에 걸쳐 다양한 적용과 효율적인 depletion 균형을 달성하도록 설계되었습니다. Pan-riboPOOL은 또한 높은 depletion 효율을 달성할 수 있지만 종마다 다를 수 있습니다.
3. RiboPOOL을 분해된 RNA와 함께 사용할 수 있나요?
RiboPOOL은 RIN 값이 ≥ 7인 DNA-free 고품질 RNA에서 가장 잘 작동합니다. RNA 분해가 증가하면 풀다운 효율이 감소할 수 있지만, RiboPOOL의 높은 복잡성은 이를 방지하는 데 도움이 됩니다.
4. 샘플에 인간 및 박테리아 rRNA가 포함되어 있습니다. RiboPOOL을 결합하여 single depletion step에서 사용할 수 있을까요?
네. riboPOOL은 사용자가 결합할 수 있고, 혹은 riboPOOL combination을 구입하여 사용할 수 있습니다. riboPOOL을 결합하려면 샘플에 존재하는 종별 RNA의 비율을 결정하고 해당 양의 riboPOOL을 사용합니다. 이를 모르는 경우 1:1 비율을 사용하고 그에 따라 최적화합니다. 최대 4개의 riboPOOL을 사용자가 지정한 비율로 combination riboPOOL에 결합할 수 있습니다. riboPOOL을 결합할 때 총 프로브 양을 100pmol/reaction으로 유지하고 혼성화 완충액의 비율이 일정하게 유지되도록 하세요. (예: 최종 부피 20μl에 5μl).
5. 샘플의 RNA 양이 100ng 미만인 경우에도 riboPOOL을 사용할 수 있나요?
input 양이 10 - 100ng 사이일 경우, 반응당 riboPOOL 양을 ~30pmol로 줄이십시오. 이렇게 하려면 권장량의 3배에 해당하는 nuclease-free water를 사용하여 kit에 있는 riboPOOL을 재현탁하고 반응당 생성된 용액 1 μl를 사용합니다.
6. 리보솜 프로파일링 샘플에 RiboPOOL을 사용할 수 있나요?
리보솜 보호 단편의 길이가 짧기 때문에(17-35nt) rRNA depletion은 일반적으로 덜 효율적입니다. 인간 riboPOOL은 이러한 샘플에서 ~70%의 depletion 효율을 갖는 것으로 보고되었지만, 성능은 샘플 조건에 따라 달라질 수 있습니다. rRNA 제거를 더욱 향상시키기 위해 rRNA depletion 후 남은 rRNA 서열에 대해 맞춤형 riboPOOL도 적용되었습니다. 리보솜 프로파일링 애플리케이션을 위한 riboPOOL은 개발 중입니다.
7. 어떤 RNA-Seq library prep kit이 riboPOOL과 호환되나요?
riboPOOL은 대부분의 library prep kit와 호환되며 Illumina의 Stranded Total RNAseq, KAPA RNA HyperPrep 및 NEBNext library prep kit와 함께 성공적으로 사용되었습니다.
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