Phenovault: RNAi/CRISPR Screening을 위한 데이터베이스 및 분석서비스 | 고마바이오텍

특징

• Phenovault는 빅데이터와 siRNA seed 정보를 기반으로 한 RNAi/CRISPR 데이터베이스 및 분석용 Bioinformatics 입니다.
• published RNAi/CRISPR screen으로부터 준비된 dataset을 바탕으로 1억개 이상의 data point를 보유하여 광범위한 RNAi 스크리닝을 제공합니다. 
  
• Seed는 siRNA 가닥의 2-7 위치에 있는 6개의 염기 서열로, 표적유전자와 반드시 상보적으로 결합해야 표적 유전자의 발현을 조절할 수 있습니다. Seed와 같은 인식 규칙을 바탕으로 한 RNAi 스크리닝 데이터와 분석 알고리즘을 제공하여, 유용한 표적을 검증하고 예측할 수 있도록 도와드립니다.
• 예를들어 700개 유전자에 대한 kinome screen을 사용하여 전체 human genome 중에서 seed-based hit을 찾아낼 수 있습니다. 
  
• Download Phenovault poster
  

적용 

• 새로운 타겟 발견 : RNAi 스크리닝 데이터의 seed 기반 분석을 통해 표현형에 영향을 미치는 새로운 유전자 식별  

• 유전자 타겟 평가 : Phenovault 스크린에서 생성된 유전자 disruption 표현형에 대한 회고적 분석을 통해 타겟 검증 

• siRNA 오프타겟팅 대응 : screening artefacts (예: 플레이트 위치 효과)를 발견하고 siRNA seed 기반 교정으로 히트 목록 개선

• 관련 유전자 조합 식별 : siTOOLs의 Merlin 분석 알고리즘으로 관련 표현형을 부여하는 유전자 조합 발견 

• siRNA 시약 평가 : siRNA 오프타겟팅 가능성을 확인하고 후보 오프타겟 유전자 목록 확보 

• Hit 목록 품질 평가 : 주어진 스크리닝 데이터 세트에 대해 false positive 가능성을 발견하고 예측 발현 수준 확보

Phenovault Performance

Largest Collection of RNAi Screening Data with Phenovault 

Amassing genome-scale screening data that often lies buried within publication supplementary materials, the Phenovault is the largest curated collection of RNAi screening data linking phenotypic read-outs to reagent sequences or ID. Inside the Phenovault: ≥ 48 publications, 374, 364 unique reagents, 20 million data points and 845 screening features. 

Harnessing Dominant siRNA Seed Effects with Phenovault

Numerous publications together with our own observations indicate that seed-based siRNA off-targeting dominates most RNAi screens. The Phenovault is equipped with published and proprietary analysis algorithms that exploit this behaviour to recognise and extract genes that may impact phenotypes but are often missed by on-target analysis.

Note: This service is for Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.