SPINeasy DNA Pro kit for Soil/Feces | 고마바이오텍

SPINeasy DNA Pro Kit for Soil (#116546050)

• Biomass가 낮거나 humic acid, 중금속 및 방향족 화합물 등의 PCR 억제제에 의한 오염 정도가 심한 토양에서도 순수한 microbiome gDNA를 분리할 수 있습니다.
• 박테리아, 곰팡이, 바이러스 및 원생 생물을 포함하는 다양한 마이크로바이옴을 효과적으로 lysis 합니다.
• FastDNA SPIN kit와 비슷한 수율을 보이지만 순도가 향상되고 수행 시간이 단축되었습니다.
• Vacuum manifolder를 사용할 수 있습니다.
• 별도의 처리 과정 없이 하위 application (long fragment PCR, qPCR, 16S & whole genome NGS)를 진행할 수 있습니다. 
• 적용  : 유전학, 분자생물학, 핵산 추출 및 정제, PCR, qPCR, 시퀀싱(NGS)
• 구성품 

• 50xLysing Matrix YB
• 2ml RNase A Solution
• 55ml Buffer S1
• 22ml Buffer S2
• 50ml Buffer S3
• 28ml Buffer S4
• 40ml Buffer S5
• 6ml Buffer S6
• 50x Column S
• 50x 2ml collection tubes
• 50x 1.5ml collection tubes

그림1. DNA quality: 다양한 biomass/contaminant content의 토양 샘플 250mg을 SPINeasy DNA Pro Kit for Soil과 타사 키트를 이용하여 DNA를 추출 진행. Medium biomass 그룹은 -20°C에서 12-24개월동안 보관된 샘플로, 이 경우 yield와 추출한 DNA의 integrity에 부정적인 영향을 미칠것으로 예상하고 실험진행하였습니다. DNA 수율과 순도(A260/280,  A260/230 비율)는 spectrophotometer를 사용하여 4반복으로 측정되었으며, 위 그래프에서 각 점은 한번의 extraction 을 의미합니다. 가로 막대는 중위값을 나타냅니다. DNA integrity는 DNA gel을 사용하여 평가되었습니다. Low biomass 샘플의 경우, SPINeasy DNA Pro Kit for Soil 과 타사의 키트 (Q pro)를 비교하기 위해 거의 동일한 비율의 DNA elute를 전기영동 하였습니다. 

그림2. Amplifiability: Inhibitor의 존재여부를 inhibitor-sensitive PCR과 정량 PCR 을 사용하여 분석하였습니다.

SPINeasy DNA Pro Kit for Feces (#116547050)   

• 복잡한 성분을 많이 함유하고 있는 분변에서 DNA를 추출하는 킷트 입니다.
• 모든 샘플은 새로운 Lysing Matrix YB와 Lysis Buffer SF1을 사용하여 효율적으로 homogenization 진행합니다.
• 그 후 SF2를 사용하여 humic acid와 다른 오염 물질들을 제거합니다.
• Buffer SP3에 포함된 성분들은 RNase A 처리 없이도 DNA만 선택적을 binding할 수 있도록 해줍니다.  
• 구성품
• Lysing Matrix YB (50 ea)
• Equilibration Buffer (12 mL)
• Buffer SF1 (54 mL)
• Buffer SF2 (12 mL)
• Buffer SF3 (48 mL)
• Buffer SF4 (40 mL)
• Buffer SF5 (40 mL)
• Buffer SF6 (7.5 mL)
• Column SF (50 ea)
• Collection Tube (50 ea x 3)
• Elution Tube (50 ea)
• 2 mL Tube (100 ea)

그림1: 다양한 식단을 가진 동물의 대변샘플을 SPINeasy DNA pro Kit for Feces로 DNA 추출.