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시약 및 기기 상세
Direct PCR Buffer 이미지

Direct PCR Buffer

Maker : KOMA

EzWay Direct PCR Buffer는 Whole blood, Mouse tail, Tissue 등과 같은 Sample에서 DNA 정제없이 바로 PCR을 수행할 수 있습니다.

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특징

  

  • PCR전에 DNA를 purification할 필요가 없이 바로 PCR을 수행할 수 있습니다.
    • DNA purification에 드는 시간을 절약해 드립니다.
    • 번거로운 스텝을 줄여주므로 편리합니다.
    • 샘플핸들링시 발생할지도 모르는 contamination 위험으로부터 안전합니다.
    • DNA purification중에 발생하는 샘플 loss의 염려가 없습니다.
    • 여러조작이 필요없으므로, 다량의 샘플을 한번에 PCR할 수 있습니다. 

  • Whole blood 및 다양한 샘플에 Direct PCR을 적용할 수 있습니다. 
    • Blood (Fresh, heparinized, EDTA-treated, Citrate-treated, dried blood on papers)
    • Animal (mouse) tails
    • Tissues (fresh, frozen or paraffinized), tissue microarray
    • Cultured cells
    • Buccal cells, saliva
    • Hair root, sperm
    • Plant
    • Bacteria 등

 

  • 어떤 DNA Polymerase를 이용해도 Direct PCR이 가능합니다. 
    • 여러 회사의Taq과 호환됩니다.
    • Taq, Pfu, Pwo, Tth등의 다양한 DNA polymerase 뿐만 아니라, chemically modified Hot start DNA polymerase에도 호환됩니다.

 

  • Hot start 효과를 가지므로, background없는 깨끗한 특이 밴드만을 잡아낼 수 있습니다. 
    • lysis 과정을 거치지 않는 blood와 같은 샘플의 경우, PCR 시작 후 온도가 상승하면서 blood cell이 깨지고 DNA가 유리되면 이때 primer가 타겟 DNA site에 반응할 수 있으므로 비특이반응 우려로부터 안전합니다. 


적용

  • Forensic science
  • Viral infection, Molecular diagnostic test
  • Multiplex PCR. SNP detection, PCR-RFLP
  • Single cell diagnostic
  • Sequencing, Cloning
  • Blood banking, Identity testing
  • Laboratory automatic PCR
 

주요 제품 

Cat. No. Product Component
K0568001 EzWay™ Direct PCR Buffer  • Direct PCR Buffer 
K0568002 EzWay™ Direct PCR Buffer Set  • Direct PCR Buffer
• Lysis Buffer I & II
• Magic Buffer (For high GC contents)


실험 데이터


그림 1. 전혈(Whole blood)에서의 Direct PCR
50ul의 PCR 반응 부피에 20ng의 인간 게놈 DNA(genomic DNA) 또는 1ul의 헤파린 처리된 전혈을 사용하여 PCR 증폭을 수행하였습니다. EzWay™ Direct PCR Buffer는 최대 2kb 크기의 증폭산물(amplicon)까지 직접 증폭할 수 있으며, 일반적인 DNA PCR보다 더 선명한 증폭 결과를 얻을 수 있습니다.
이는 별도의 hot start 효소의 도움 없이도 직접 PCR 증폭이 '핫 스타트' 기능을 수행함을 의미합니다. 그 이유는 초기 가열 단계에서 세포가 파괴되면서, 노출된 DNA 템플릿이 프라이머의 결합 온도(Tm)보다 높은 온도에서 즉각적으로 프라이머와 만나기 때문입니다.



그림 2. 배양 세포에서의 Direct PCR
U-138 뇌종양 세포를 사용하여 직접 PCR을 수행하였습니다. 먼저 EzWay™ Direct Lysis Buffer II를 사용하여 세포를 용해(lysis)시킨 후, 상온에서 10분 동안 방치(incubation)했습니다. 이후 원심분리 등을 통해 얻어진 상등액(supernatant) 1ul를 20ul의 PCR 반응 혼합물에 직접 첨가하였습니다.



그림 3. 마우스 꼬리에서의 Direct PCR
EzWay™ Direct Lysis Buffer I과 Proteinase K를 사용하여 마우스 꼬리 조직을 56°C에서 10분간 반응시켜 PCR 템플릿을 얻었습니다. 이후 95°C에서 5분간 가열하여 PK 효소를 제거한 뒤, 상등액 1ul를 20ul의 PCR 반응 혼합물에 직접 첨가했습니다. Albino (백색증) 마우스의 변이는 EzWay™ Direct PCR Buffer를 이용한 신속 용해(Rapid lysis) 및 PCR-RFLP 방식을 통해 확인되었습니다. BALB/c Albino 마우스의 Tyrosinase 유전자 85번 위치에서 발생한 점 돌연변이(Cystein → Serine)는 새로운 DdeI 제한효소 절단 부위를 생성하며, 이 변이는 실제로 BALB/c의 게놈 DNA에 존재합니다.
 BALB/c strain : 20, 113, 35, 130 bp
 C57BL/6 strain : 20, 113, 165 bp



그림 4. 식물에서의 Direct PCR
애기장대(Arabidopsis) 잎 용해물(lysate)과 정제된 게놈 DNA를 비교한 전기영동 사진입니다. 애기장대 잎 4장을 100ul의 1X Direct Lysis Buffer I과 섞은 뒤, 절구(pestle)로 분쇄하거나(+) 분쇄하지 않은 채로(-) 80°C에서 2시간 동안 반응(incubation)시켰습니다. 열처리 후, 이 용해물들을 일반적인 PCR 버퍼(Lane 1-4)와 EzWay™ Direct PCR Buffer(Lane 5-8)를 사용하여 증폭했습니다. 두 가지 생태형(ecotype)인 Col(Lane 9)과 Ler(Lane 10)의 게놈 DNA 증폭 결과, 각각 0.85kb와 1.0kb 크기의 증폭산물(amplicon)이 확인되었습니다.
따라서 샘플 중 하나(Lane 1, 3, 5, 7)는 Col 호모(동형접합체, homozygote)였으며, 다른 하나(Lane 2, 4, 6, 8)는 Col/Ler 헤테로(이형접합체, heterozygote)임을 확인했습니다.



그림 5. S. flexneri(이질균)와 S. typhimurium(살모넬라균)의 이중 real time PCR 증폭에 대한 융해 곡선 분석
EzWay™ Direct PCR Buffer를 사용하여, 동일한 양의 S. flexneri와 S. typhimurium을 첨가한(spiked) 대변 샘플로부터 virA 유전자와 invA 유전자 단편을 동시에 증폭하였습니다.
두 증폭산물의 융해 온도(Tm)는 서로 명확히 구분되었습니다. virA 유전자의 Tm은 82°C였고, invA 유전자의 Tm은 87°C였습니다. 각 희석 배수별로 215bp와 284bp 크기의 특이적 산물(Specific products)이 확인되었습니다.


주문정보

주문정보 - Cat No, PRODUCT, SIZE, 수량 등 항목으로 구성되어있습니다.
  Product Cat.No. Size Maker Qty Data Sheet MSDS
EzWay Direct PCR Buffer (5x) K0568001 500ul KOMA
EzWay Direct PCR Buffer Set (5x) K0568002 1set KOMA
Maker
KOMA
Cat.No.
K0568001
Product
EzWay Direct PCR Buffer (5x)
Size
500ul
Qty
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KOMA
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K0568002
Product
EzWay Direct PCR Buffer Set (5x)
Size
1set
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