eRibo Pro 리보솜 프로파일링 서비스 | ribosome profiling service | 고마바이오텍

특징 

• eRibo Pro 리보솜 프로파일링 서비스는 Ribo-Seq 실험을 위한 전과정 솔루션으로, 샘플 처리 (RNA 및 ribosome-protected fragment preparation [RPFs] 준비), 라이브러리 생성, 시퀀싱 및 심층적인 생물정보학 분석을 제공합니다. 
• eRibo Pro는 리보솜 활동 및 mRNA translation에 대한 자세한 통찰력을 제공합니다.
• 고급 시퀀싱 기술을 사용하여 연구자에게 translation dynamics에 대한 정확한 데이터를 제공합니다. 

Workflow  

• 1단계 : RNA & RPF 준비 (rRNA 제거 및 라이브러리 준비)
• 2단계 : 시퀀싱 (NGS 수행)
• 3단계 : 분석 (RNA 발현과 translation에서의 변화를 결정하기 위한 맞춤형 바이오인포매틱스 분석)  

적용

▒  리보솜 점유율 변화 측정

리보솜 점유율은 번역 효율 (Translation Efficiency) 또는 TE라고도 하며 주어진 유전자의 리보솜 양을 상대적으로 측정한 것입니다. 이 지표는 종종 소분자를 사용하여 타겟 특정 번역 변화를 감지하거나 최적의 단백질 생산을 위한 mRNA 백신 후보를 순위를 매기는 데 사용됩니다.

Volcano plot for RNA-Seq and ribosome occupancy after treatment with Torin 1, a selective inhibitor of translation. Changes are specific to ribosome occupancy.

▒  정지된 리보솜 식별

리보솜 정지(Ribosome stalling)는 단백질 생산 감소 또는 다른 단백질 생산로 이어질 수 있습니다. 리보솜 정지를 식별하는 것은 mRNA 치료제 개발 및 소분자 후보의 포괄적인 평가에 필수적입니다. eRibo Pro는 리보솜 농축에 대한 코돈 측정을 제공하여 리보솜 정지가 발생하는 위치를 확실하게 식별할 수 있습니다.

Browser tracks showing the PCSK9 gene. Data from samples treated with PF-846, which induces ribosome stalls on the first exon, and untreated controls are shown.

▒  Therapeutic Off-target 확인

모든 치료제에는 오프타겟 효과의 위험이 있으며, 이는 임상 시험을 중단 시킬 수 있습니다. RNA level과 translation을 모두 측정함으로써 eRibo Pro는 치료 효과에 대한 보다 포괄적인 관점을 제공하여 개발자가 더 확신을 가지고 임상으로 이동할 수 있도록 합니다.

Volcano plot showing changes in RNA expression after treatment with an siRNA. Off-targets due to direct siRNA binding are highlighted in teal.