ARGO-RNA Library Preparation Kit

제품 상세

ARGO-RNA Library Preparation Kit

Maker : SITOOL

ARGO-RNA Library Preparation Kit는 양이 적거나 손상된 RNA 샘플이라도 단 4.5시간 만에 UMI가 적용된 고품질의 가닥 특이적(Stranded) RNA-seq 라이브러리를 만들 수 있는 효율적이고 정확한 NGS 전처리 키트로, Illumina 플랫폼과 호환됩니다.

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특징

ARGO-RNA Library Preparation Kit는 NGS 전에, 시료내 RNA를 분석 장비가 읽을 수 있는 라이브러리 상태로 변환해주는 고성능 RNA 라이브러리 제작 키트입니다. 실험 과정을 단순화하면서도 데이터의 정확도를 극대화합니다. 데이터 분석을 방해하는 불필요한 리보솜 RNA(rRNA)를 제거해주는 'riboPOOLs'와 함께 쓰도록 최적화되어 있습니다. rRNA를 먼저 걷어내고 분석하면 진짜 필요한 RNA 데이터의 품질이 훨씬 좋아집니다.

단편화 과정 생략 (Fragmentation-free): RNA를 인위적으로 잘게 깨뜨리는 복잡한 과정이 없어 실험 단계가 훨씬 단순하고 편리합니다.
방향성 유지 (Stranded): RNA 가닥의 방향성 정보를 그대로 보존하여, 유전자가 어느 가닥에서 유래했는지 정확하게 분석할 수 있습니다.
UMI(고유 분자 식별자) 라벨링: 각 RNA 분자에 고유 식별 코드를 붙여줍니다. 덕분에 실험 중간에 발생하는 PCR 증폭 오류나 왜곡(Bias)을 깔끔하게 걸러내고, 실제 유전자 발현량만 정확하게 측정할 수 있습니다.
까다로운 샘플도 지원: 상태가 좋은 고품질 RNA는 물론, 손상된(Degraded) RNA나 보관이 까다로운 병리 조직 샘플(FFPE)까지 안정적으로 처리합니다.
넓은 입력 범위 (1 ng ~ 1000 ng): 샘플 양이 1 ng 수준으로 아주 적어도 뛰어난 성능을 발휘합니다.
빠른 작업 시간: 단 4.5시간 만에 시퀀싱(염기서열 분석) 준비가 완료되어 시간을 크게 아낄 수 있습니다.
라이브러리 크기 조절: 단순 유전자 정량 분석을 위한 짧은 조각부터, 복잡한 스플라이싱 변이나 이형체(Isoform), 융합 유전자(Fusion)를 잡기 위한 긴 리드(Extended reads)까지 실험 목적에 맞게 크기를 맞출 수 있습니다.

RNA-Seq 활용 분야

차등 발현 유전자(DGE) 분석: 질병 유무나 조건에 따른 유전자 발현량 변화 측정
대립 스플라이싱 및 이형체 탐지
비코딩 RNA(ncRNA) 프로파일링
암 유전학에서의 유전자 융합(Gene fusion) 및 변이 발견

검증 데이터



	a) Rattus norvegicus (rat), b) Lendenfeldia chondrodes (sponge), c) Pinus sylvestris (pine tree)의 Library profile은 total RNA 100 ng을 riboPOOL rRNA-depletion kit로 제거하여 생성됩니다. 막대 그래프는 riboPOOLs을 이용한 rRNA 제거 전 후 시료에서 rRNA와 타겟 RNA가 차지하는 비율을 나타냅니다.

구성 요소

Component	24 reaction kit	96 reaction kit	Storage
Reverse Transcription Mix	1 × 476 µl	2 × 951 µl	-20°C
Reverse Transcription Mix Long	1 × 476 µl	2 × 951 µl	-20°C
Reverse Transcription Primer	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Reverse Transcription Enzyme	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Ligation Mix	1 × 951 µl	3 × 1268 µl	-20°C
Dithiothreitol	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Linker Oligo	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Ligation Enzyme	1 × 53 µl	1 × 106 µl	-20°C
Beads Buffer	1 × 2086 µl	4 × 8343 µl	-20°C / +4°C
Library Amplification Mix	185 µl	4 × 740 µl	-20°C
Library Amplification Enzyme	27 µl	4 × 106 µl	-20°C
Purification Beads	1 × 1307 µl	4 × 5228 µl	+4°C
Purification Solution	1 × 1901 µl	4 × 7604 µl	+4°C
Elution Buffer	1 × 3221 µl	4 × 12884 µl	+4°C
12 nt Unique Dual Indexes	10 µl / well	–	-20°C
12 nt Unique Dual Indexes	–	10 µl / well	-20°C

자주 묻는 질문

Q1. 어떤 종이 Argo RNA Library Preparation Kit와 호환되나요?

시료가 충분한 경우 human, mouse, rat, plant, bacterial, fungal, microbial sample 등 모든 종의 RNA와 호환됩니다. 성공적인 RNA-Seq 데이터 분석과 read mapping을 위해서는 서열 정렬과 유전자 발현 정량을 위한 적절한 reference genome 이나 transcriptome이 필요합니다.

Q2. Single-read sequencing 이나 paired-end sequencing 중 어떤 sequencing 형식을 Argo Library에 사용해야 할까요?

Argo cDNA Library는 Illumina sequencing platform에서 single-read (SR) sequencing 과 paired-end (PE) sequencing 구성에 완전히 호환됩니다.

RTM library (RNA-Seq QuantSeq): SR50-150 이나 PE50-75에서 최적의 sequencing 결과
RTL library (long-read RNA-Seq): SR150 이나 PE100-150에서 최적의 sequencing 결과

Transcript coverage 요건, sequencing depth 요구 사항 등이 가장 적합한 NGS sequencing 형식과 read length에 영향을 미칠 수 있습니다.

Q3. Degraded RNA sample 이나 FFPE sample과 함께 Argo를 사용할 수 있나요?

네, degraded RNA sample과 FFPE (formalin-fixed paraffin-embedded) 조직 sample은 ribosomal RNA depletion 포함하는 Argo Library Preperation 워크플로우와 완전히 호환됩니다. RTM 프로토콜은 RNA 품질 저하, 부분 분해, limited RNA integrity에 최적화 되어있기 때문에, 저품질의 RNA 시료 유형에 대해서 RTL 프로토콜 대신 RTM 프로토콜 사용을 강력히 권장합니다.

Q4. Argo Library Preperation에 권장되는 RNA 양은 얼마인가요?

rRNA depletion workflows : ribosomal RNA 제거 전에 1 ng – 1 µg의 total RNA를 starting material로 사용합니다. 최적의 rRNA 제거 효율과 transcript coverage를 위해 riboPOOLs를 추천합니다.
Direct total RNA input without depletion: 100 pg – 100 ng의 total RNA가 요구되며, 시료 가용성, 원하는 sequencing depth에 따라 prior rRNA depletion 이나 poly(A) enrichment 없이 직접 처리할 수 있습니다.