rRNA 제거를 위한 riboPOOL Kit 선택가이드 | 고마바이오텍

riboPOOL 이란?

추출한 전체 RNA 중 약 80~90%는 리보솜 RNA(rRNA)가 차지하고 있습니다. 이 상태 그대로 시퀀싱(유전자 해독)을 진행하면, 기계가 온통 rRNA만 읽게 되어 정작 연구해야 할 중요한 유전자(mRNA, ncRNA 등)는 데이터에 잘 잡히지 않습니다. 

따라서 데이터 낭비를 막고 중요한 유전자를 깊이 있게 보기 위해 rRNA를 먼저 청소해 주는 작업이 필수적인데, 이때 쓰는 것이 바로 riboPOOL 입니다.

riboPOOL의 rRNA 제거 작동 원리 

효소를 이용해 녹여버리는 방식이 아닌, 'Hybridization, 결합' 기반의 포획 방식을 사용합니다.

1. 바이오틴(Biotin) DNA 프로브:  siTOOL사의 특허 알고리즘으로 정교하게 설계된 수많은 DNA 조각(프로브)들이 들어있습니다. 이 조각들 끝에는 'Biotin'이 붙어 있습니다. 이 프로브들을 RNA 샘플에 넣으면, 오직 rRNA에만 자석처럼 가서 달라붙습니다.
2. 자성 비드(Magnetic Beads) 투입: 그 후 Streptavidin이 코팅된 자성 비드를 넣으면, Biotin과 강하게 결합합니다.
3. 제거: Magnetic Rack에 튜브를 대면 rRNA를 붙잡은 비드들만 자석 쪽으로 끌려가고, rRNA가 완벽히 제거된 깨끗한 주요 RNA 샘플만 상층액으로 남게 됩니다.

riboPOOL 장점 

• 효소 미사용 (Enzyme-Free): RNase H 같은 효소를 쓰지 않기 때문에, 실험 중 분석해야 할 일반 RNA 샘플이 의도치 않게 분해되거나 손상될 위험이 현저히 낮습니다.
• 압도적인 제거율: 타깃 종에 최적화된 프로브 풀을 사용하기 때문에 95% 이상의 rRNA 제거 효율을 보여줍니다.
• 다양한 생물 종 지원 & 커스텀: 인간, 마우스뿐만 아니라 식물, 다양한 박테리아, 고균(Archaea) 등 70여 종 이상의 기성품 라인업이 있으며, 데이터가 없는 희귀 생물은 서열만 제공하면 3-4주 안에 맞춤형(Custom)으로 제작해 줍니다.
• 낮은 품질의 RNA도 가능: 암 조직 등에서 얻은 낡은 RNA 샘플(FFPE)에서도 높은 효율로 rRNA를 잡아냅니다.
• 빠른 실험 시간: Hybridization 부터 제거까지 단 70분이면 프로토콜이 완료됩니다.

riboPOOL Kit 종류     

• Single Species: 인간이나 마우스 등 '한 종류'의 생물 샘플에서 rRNA 제거 
• Pan-riboPOOLs: 여러 유전 계통의 rRNA를 한 번에 잡는 범용 키트 (예: 여러 식물, 여러 박테리아가 섞인 마이크로바이옴 샘플 등).
• Combination: 숙주(동물)와 감염균(박테리아)처럼 생물학적으로 아주 멀리 떨어진 종들의 rRNA를 한 튜브에서 동시에 제거할 때 사용
• Ribo-Seq용: 리보솜 프로파일링 실험 시 발생하는 특수한 rRNA 조각(RPF 부근) 제거 

       
 (각 이미지를 클릭하면 상세한 species 목록을 확인하실 수 있습니다.)