[FAQ] CUT&RUN, CUT&Tag, Fiber-seq은 어떤 차이점이 있나요?

시약 및 기기 상세

Maker : EPICYPHER

CUT&RUN, CUT&Tag, Fiber-seq의 차이점을 안내합니다.

프린트 제품 문의

1. CUT&RUN, CUT&Tag, Fiber-seq은 서로 어떤 차이점이 있나요?

CUT&TAG: CUT&RUN의 업그레이드 버전. 잘라냄과 동시에 시퀀싱 어댑터를 바로 붙여서(Tagmentation) 실험 과정을 획기적으로 단축한 기술.

Fiber-seq: 차세대 롱리드(Long-read) 기술. 항체 없이 효소로 '열린 공간'을 색칠해, 수만 개의 염기쌍을 한 번에 읽으며 접근성과 메틸화를 동시에 보는 기술.

2. 주요 차이점을 비교표로 보여주세요.

3. 어떤 경우에 어떤 Assay를 사용해야 하는지 알려주세요.

1) "특정 단백질(예: Polymerase, Transcription factors)이 어디 붙는지 알고 싶다."면?

CUT&RUN을 추천합니다. MNase 효소는 아주 작은 단백질 자리도 정밀하게 잘라내기 때문에 전사 인자 연구에 가장 표준적입니다.

2): "히스톤 마커(H3K4me3 등)를 빠르게 보고 싶고, 샘플 양이 정말 적다."면?

CUT&TAG를 추천합니다. 라이브러리 제작까지 하루면 끝나고, 세포 수가 적어도 결과가 매우 잘 나옵니다.

3) : "게놈의 복잡한 구조(반복 서열 등)를 보고 싶고, 접근성과 메틸화를 한 번에 알고 싶다." 면?

Fiber-seq이 정답입니다. 특히 ATAC-seq으로 해결 안 되는 복잡한 부위나, 부모님 중 어느 쪽 유전자가 활성화되어 있는지(Haplotype) 보고 싶어 하는 연구자에게 최고의 솔루션입니다.

4. 각 실험의 진행 과정을 설명해 주세요.

1) CUT&RUN (정밀 절단 방식)

가장 고전적이고 정밀한 방식입니다. 낚시로 치면 "물고기를 낚아서 뭍으로 끌어올린 뒤 손질하는 방식"입니다.

2) CUT&Tag (절단 + 즉시 태깅 방식)

가장 빠르고 효율적입니다. "물고기를 낚는 순간 즉시 바코드를 찍어서 방류하는 방식"입니다.

세포 투과화 & 항체 결합: CUT&RUN과 동일합니다.
pAG-Tn5 투입: MNase 대신 Tn5 트랜스포세이스(Transposase) 효소를 넣습니다. 이 효소는 이미 시퀀싱 어댑터를 입에 물고 있습니다.
효소 활성화 (Mg2+): 마그네슘을 넣으면, Tn5가 DNA를 자름과 동시에 어댑터를 그 자리에 박아 넣습니다(Tagmentation).
라이브러리 완성: 실험이 끝나면 이미 어댑터가 붙어 있으므로, 바로 PCR만 돌리면 시퀀싱 준비 끝입니다. (매우 빠름)

3) Fiber-seq (전체 색칠 방식)

항체 없이 진행되는 광범위 분석입니다. "물고기를 낚지 않고, 물이 닿는 모든 비늘에 형광 페인트를 칠해버리는 방식"입니다.

핵 분리: 롱리드 분석을 위해 매우 깨끗하고 온전한 핵이 필요합니다.
Hia5 효소 처리: 항체 단계 없이 바로 Hia5 효소를 넣습니다.
아데닌 메틸화 (6mA): 효소가 단백질이 없는 빈 공간(Open Chromatin)의 모든 아데닌(A)에 메틸기를 붙여 '색칠'합니다. (약 10분)
전체 gDNA 추출: 특정 부위만 자르는 게 아니라, 게놈 전체(gDNA)를 아주 길게 통째로 뽑아냅니다.
롱리드 시퀀싱: 긴 DNA 가닥을 시퀀서에 통과시키며 어디에 색(6mA)이 칠해졌는지 읽습니다.