ARGO-RNA Library Preparation Kit

시약 및 기기 상세

ARGO-RNA Library Preparation Kit

Maker : SITOOL

Illumina 플랫폼과 호환되며, RNA-seq library를 빠르고 효율적으로 만들 수 있도록 설계된 RNA Library Preparation Kit를 소개합니다.

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특징

Fragmentation-free, stranded, UMI-labelled workflow를 통해 RNA-seq library를 준비하도록 설계 되었습니다
12 nt Unique Dual Indexes (UDI-24 / UDI-96) 가 포함되어 있어, unique dual indexing 방식으로 library 바코딩이 가능합니다.
모든 siTOOLs Biotech의 riboPOOL^TM ribodepletion kit와 완전히 호환되며, rRNA 제거 후 바로 library 제작 단계로 매끄럽게 이어지는 워크플로우 구성을 지원합니다.
intact RNA, degraded RNA, FFPE 샘플에서 검증되었습니다.
1 ng – 1000 ng의 넓은 RNA 입력량 범위를 처리할 수 있으며, 특히 low quantity 시료에서 우수한 성능을 나타냅니다.
약 4.5시간 안에 sequencing-ready library를 제공합니다.
짧은 fragment부터, splice variants, transcript isoforms, fusion events 분석에 필요한 더 긴 read까지, 목적에 맞게 library fragment 길이를 조절할 수 있습니다.

검증 데이터



	a) Rattus norvegicus (rat), b) Lendenfeldia chondrodes (sponge), c) Pinus sylvestris (pine tree)의 Library profile은 total RNA 100 ng을 riboPOOL rRNA-depletion kit로 제거하여 생성됩니다. 막대 그래프는 riboPOOLs을 이용한 rRNA 제거 전 후 시료에서 rRNA와 타겟 RNA가 차지하는 비율을 나타냅니다.

구성 요소

Component	24 reaction kit	96 reaction kit	Storage
Reverse Transcription Mix	1 × 476 µl	2 × 951 µl	-20°C
Reverse Transcription Mix Long	1 × 476 µl	2 × 951 µl	-20°C
Reverse Transcription Primer	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Reverse Transcription Enzyme	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Ligation Mix	1 × 951 µl	3 × 1268 µl	-20°C
Dithiothreitol	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Linker Oligo	1 × 27 µl	1 × 106 µl	-20°C
Ligation Enzyme	1 × 53 µl	1 × 106 µl	-20°C
Beads Buffer	1 × 2086 µl	4 × 8343 µl	-20°C / +4°C
Library Amplification Mix	185 µl	4 × 740 µl	-20°C
Library Amplification Enzyme	27 µl	4 × 106 µl	-20°C
Purification Beads	1 × 1307 µl	4 × 5228 µl	+4°C
Purification Solution	1 × 1901 µl	4 × 7604 µl	+4°C
Elution Buffer	1 × 3221 µl	4 × 12884 µl	+4°C
12 nt Unique Dual Indexes	10 µl / well	–	-20°C
12 nt Unique Dual Indexes	–	10 µl / well	-20°C

자주 묻는 질문

Q1. 어떤 종이 Argo RNA Library Preparation Kit와 호환되나요?

시료가 충분한 경우 human, mouse, rat, plant, bacterial, fungal, microbial sample 등 모든 종의 RNA와 호환됩니다. 성공적인 RNA-Seq 데이터 분석과 read mapping을 위해서는 서열 정렬과 유전자 발현 정량을 위한 적절한 reference genome 이나 transcriptome이 필요합니다.

Q2. Single-read sequencing 이나 paired-end sequencing 중 어떤 sequencing 형식을 Argo Library에 사용해야 할까요?

Argo cDNA Library는 Illumina sequencing platform에서 single-read (SR) sequencing 과 paired-end (PE) sequencing 구성에 완전히 호환됩니다.

RTM library (RNA-Seq QuantSeq): SR50-150 이나 PE50-75에서 최적의 sequencing 결과
RTL library (long-read RNA-Seq): SR150 이나 PE100-150에서 최적의 sequencing 결과

Transcript coverage 요건, sequencing depth 요구 사항 등이 가장 적합한 NGS sequencing 형식과 read length에 영향을 미칠 수 있습니다.

Q3. Degraded RNA sample 이나 FFPE sample과 함께 Argo를 사용할 수 있나요?

네, degraded RNA sample과 FFPE (formalin-fixed paraffin-embedded) 조직 sample은 ribosomal RNA depletion 포함하는 Argo Library Preperation 워크플로우와 완전히 호환됩니다. RTM 프로토콜은 RNA 품질 저하, 부분 분해, limited RNA integrity에 최적화 되어있기 때문에, 저품질의 RNA 시료 유형에 대해서 RTL 프로토콜 대신 RTM 프로토콜 사용을 강력히 권장합니다.

Q4. Argo Library Preperation에 권장되는 RNA 양은 얼마인가요?

rRNA depletion workflows : ribosomal RNA 제거 전에 1 ng – 1 µg의 total RNA를 starting material로 사용합니다. 최적의 rRNA 제거 효율과 transcript coverage를 위해 riboPOOLs를 추천합니다.
Direct total RNA input without depletion: 100 pg – 100 ng의 total RNA가 요구되며, 시료 가용성, 원하는 sequencing depth에 따라 prior rRNA depletion 이나 poly(A) enrichment 없이 직접 처리할 수 있습니다.