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CUTANA™ Fiber-seq Kit 이미지

CUTANA™ Fiber-seq Kit

Maker : EPICYPHER

유전적 정보와 후성유전(epigenetic) 특징을 동시에 읽는 Fiber-seq을 수행하기 위한 assay kit을 제공합니다.

특징

 

  • Fiber-seq은 크로마틴 접근성, DNA 메틸레이션, 유전적 변이를 동시에 프로파일링 합니다. 
  • 일반적으로 ATAC-seq, ChIP-seq, Bisulfite sequencing 등의 여러 개별 시험이 필요한 분석을 long-read sequencing (LRS) 기반의 실험 한 번으로 통합 데이터를 얻을 수 있습니다. 
  • 세포에서 시작하여 라이브러리 준비가 가능한 DNA까지 얻는데 필요한 핵심 시약을 모두 포함하고 있습니다. 
  • User Manual에는 상세한 프로토콜, QC 항목, FAQ, 전문가 팁까지 포함되어 실험을 쉽게 시작할 수 있습니다. (간단한 요약 프로토콜 포함 제공) 
  • Fiber-seq은 일반적인 LRS 라이브러리 준비 직전에 2시간 이내로 수행할 수 있으며 주요 LRS 플랫폼의 라이브러리 준비 kit와 호환성이 검증된 시약을 사용합니다. 
  • Hia5는 현재 사용 가능한 6mA methyltransferase 중 가장 활성이 높은 효소이며 본 kit에 독점적으로 포함됩니다.  
  • 높은 효소 활성으로 더 짧은 반응 시간을 가능하게 하여 protein footprint의 해상도가 향상됩니다. 
  • 각 Lot은 일관된 결과를 보장하기 위해 철저한 QC 검사를 통과하여 출시됩니다. 
  • Kit를 통해 얻은 정제된 genome DNA는 PacBio® HiFi Sequencing, Oxford Nanopore Technologies®(ONT) Nanopore Sequencing 의 라이브러리 준비 워크플로우에 직접 사용할 수 있습니다.
  • Fiber-seq의 권장 입력량은 반응 당 1,000,000개의 사람 유래 native nuclei입니다. 
  • 냉동 보관된 핵이나 약하게 cross-link된 핵에도 성공적으로 적용되었습니다. 

Fiber-seq Kit Figure 4
Fiber-seq은 단일 시험으로 크로마틴 접근성, DNA 메틸레이션, 그리고 뉴클레이좀 위치를 genome-wide에서 동시에 포착합니다. 
위 그림은 전사 시작 부위 (TSS)를 중심으로 한 6mA 신호, 뉴클레오좀 위치, 내인성 5mC 수준에 대한 정렬된 단일 분자 데이터를 보여줍니다. 
6mA가 풍부한 TSS에서는 잘 정의된 뉴클레오좀 배열과 5mC의 감소가 나타나며 이는 프로모터 영역의 특성과 일치합니다. 
이러한 패턴은 히스톤 변형을 위한 CUT&RUN 프로파일과도 유사하며 여기에는 H3K4me3 (활성 TSS 표시)와 H3K27me3 (억제된 유전자 표시)가 포함됩니다. 

 


Fiber-seq 워크플로우

  • 분리된 핵은 Hia5 N6-methyladenine methyltransferase (6mA MTase)와 보조 인자 S-Adenosylmethionine(SAM)를 함께 반응시켜 접근 가능한 크로마틴 영역 내의 아데닌을 선택적으로 메틸화합니다. 
  • 10분 간 라벨링을 진행한 후, 반응을 정지시키고 genome DNA (gDNA)를 정제하여 long-read sequencing에 사용할 수 있도록 준비합니다. 
  • Long-read sequencing 데이터는 이후 단일 분자 수준에서 분석되어 샘플 내 크로마틴 구조의 이질성을 파악하거나 크로마틴 접근성 및 DNA 메틸화의 샘플 전반적인 패턴을 식별하는데 활용됩니다. 




Kit 구성품

Item Cat No
gDNA Spin Columns 10-0016-09
gDNA Collection Tubes 10-0017-09
gDNA Cell Lysis Buffer 21-1029-09
gDNA Binding Buffer 21-1030-09
gDNA Wash Buffer 21-1031-09
gDNA Elution Buffer 21-1032-09
Pre-1X Reaction Buffer 21-1033-09
Pre-Nuclei Extraction Buffer 21-1021-09
1 M Spermidine 21-1005-09
Proteinase K 15-1033-09
RNase A 15-1034-09
SAM 21-1034-09
Hia5 for Fiber-seq 15-1032-09

 

주문정보

주문정보 - Cat No, PRODUCT, SIZE, 수량 등 항목으로 구성되어있습니다.
  Product Cat.No. Size Maker Qty Data Sheet MSDS
CUTANA™ Fiber-seq Kit - 24 Reactions 14-2001-24rxn 24 Reactions EPICYPHER
CUTANA™ Fiber-seq Kit - 8 Reactions 14-2001-8rxn 8 Reactions EPICYPHER
Maker
EPICYPHER
Cat.No.
14-2001-24rxn
Product
CUTANA™ Fiber-seq Kit - 24 Reactions
Size
24 Reactions
Qty
Data Sheet
Maker
EPICYPHER
Cat.No.
14-2001-8rxn
Product
CUTANA™ Fiber-seq Kit - 8 Reactions
Size
8 Reactions
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0.5 ml Elite Pre-stained Protein Ladder (2 x 0.25 ml) PAL-EPL-500 0.5ml 500
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