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폐수, 생활하수의 오염검사를 위한 qPCR Kit 이미지

폐수, 생활하수의 오염검사를 위한 qPCR Kit

폐수나 생활하수의 미생물 및 바이러스 오염의 지표로 이용되는 crAssphage DNA와 PMMoV genomic RNA 검출 qPCR kit를 제공합니다. 다양한 DNA, RNA 병원체와 함께 multiplex로 사용하여 오염여부를 판단할 수 있습니다.

CrAssPhage qPCR Assay Kit (#PNP-CRPH)  

 

  • CrAssphage는 인간의 배설물과 폐수에 매우 풍부한 이중 가닥 DNA 바이러스입니다.
  • qPCR 반응을 통해 다양한 DNA 병원체(예: 박테리아, 곰팡이 및 DNA 바이러스)의 DNA를 검출할 때 신뢰할 수 있는 내부 control로 사용됩니다.
  • CrAssphage 게놈 DNA를 타겟으로 하는 primer/probe mixture를 제공합니다. 
  • 형광 Probe는 HEX를, quencher는 BHQ-1를 이용합니다. 
  • TaqMan 3 cleavage 메카니즘을 이용하므로, 5'-exonuclease activity를 갖는 DNA polymerase와 함께 사용합니다. 
  • 구성품 : 
    • Tube 1: 20X Primer/Probe mix specific for CrAssphage genomic DNA.
    • Tube 2: 5000 copies/µl Positive control of synthetic 500 bp DNA fragment of CrAssphage (NC_02471).
    • Tube 3 (옵션) : qPCR MasterMix 

 


Verification experiments (in a 2-plex reaction of CrAssphage and MPX1 products) with various added samples (given in text boxes for each panel).  

(1) No template control (NTC) with water – no PCR  reaction observed. 

(2) CrAssphage DNA construct where only HEX signal was observed (no FAM signal). 

(3) Monkeypox DNA construct where only FAM signal was observed (no HEX signal). 

(4) Bottom panel: both DNA constructs for CrAssphage and Monkeypox were added and both FAM and HEX signals were observed.

 

 

 

PMMoV RT-qPCR Assay Kit (#PNP-PMMV)

  • PMMoV (Pepper Mild Mottle Virus)는 인간의 분변에 풍부한 plant (+)sense RNA virus로, 분변으로 인한 오염상황을 보여주는 바이오마커 입니다. 
  • RT-qPCR을 통해 RNA 병원체 (예, RNA 바이러스 또는 기타 RNA)를 검출할 때 신뢰할 수 있는 내부 control로 사용됩니다.
  • PMMoV 게놈 RNA를 표적으로 하는 primer/probe mixture를 제공합니다. 
  • 적용사례 : 생활하수를 COVID kit으로 분석했을 때, 하수 속 바이러스가 증가하면 3-4주 후에 코로나 19 환자가 증가하는 상관 관계가 연구에 의해 확인되었고, 이때, PMMoV 숫자에 대한 M1과 M2 유전자 비율로 정규화(normalization)할 수 있습니다. 
  • 구성품 : 
    • Tube 1: 20X Primer/Probe mix specific for PMMoV genomic RNA.
    • Tube 2: 5000 copies/µl Positive control of synthetic 500 bp DNA fragment of PMMoV (NCBI accession: AB000709.2).
    • Tube 3 (옵션) : RT-qPCR MasterMix 

 

 

Verification experiments with water (no reaction observed) and three RNA extract samples from wastewater from three different locations in Michigan (for PCR each sample was 10X diluted). The HEX probe detects PMMoV genomic RNA.

 

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