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SNAP-ChIP™ K-MetStat panel

SNAP-ChIP (Sample Normalization & Antibody Profiling for ChIP) K-MetStat panel은 lysine에 methylation된 다수의 dNucs 패널을 ChIP 실험에 이용함으로써, 항체의 특이성이나 효율성을 정확히 판독하도록 도와줍니다.

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특징
  • 3'말단의 특이한 DNA 시퀀스("barcode")에 의해 식별될 수 있는 서로 다른 nucleosome 15가지와 1가지 unmodified nucleosome의 mixture pool입니다.
  • ChIP실험시, 메틸화 상태의 구조적 유사성으로 인한 antibody cross-reactivity 여부 확인이 중요합니다. SNAP-ChIP 패널은 모든 ChIP 실험에서antibody specificity를 정량화 하여 이런 오류문제를 극복합니다.
  • 모든 ChIP work flow에 이용할 수 있습니다.
  • Panel의 Modification site는 모두 lysine methylation에 의해 결정되기 때문에, 유연성을 극대화하고 상세한 항체 교차 반응 데이터 확인이 가능합니다.
  • 낮은 lot-to-lot variation 을 제공합니다. (높은 재현성)
  • Enzyme screening assays 및 Effector protein binding experiments 실험에서 ChIP spike-in 대조군으로 적합합니다.
  • Reference: SNAP-ChIP is adapted from Grzybowski AT et al (2015) Mol Cell 58: 886-889.



  • Composition:1 unmodified mononucleous + 15 histone H3 or H4 posttranslational modifications (PTMs, created by a proprietary semi-synthetic method): H3K4me1, H3K4me2, H3K4me3, H3K9me1, H3K9me2, H3K9me3, H3K27me1, H3K27me2, H3K27me3, H3K36me1, H3K36me2, H3K36me3, H4K20me1, H4K20me2 and H4K20me3
  • Formulation: Purified recombinant mononucleosomes, containing a mixture of 16 (1 unmodified plus 15 unique) H3 and H4 PTMs in 10 mM sodium cacodylate, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50% glycerol (w/v), 1x Protease Inhibitor cocktail, 100 ug/mL BSA, 10 mM β-mercaptoethanol. Molarity = 0.6 nM. MW = ~199382.1 Da (average MW of all 16 nucleosomes).

 

 Fig 1.  K-MetStat Panel을 구성하는 16개의 dNucs 조합 방법은 다음과 같습니다. Modified dNucs
 의 경우, H3K4, H3K9, H3K27, H3K36, H4K20에 lysine methylation(me1, me2, me3)이 되어 있고,
 각각 특정한 서열로 DNA barcode 되어 있습니다. 패널은 이 15개의 modified와 1개의 unmodified
 로 구성됩니다.





 Fig 2.  특정 DNA 시퀀스(barcode)로 식별되는 PTM을 가진 재조합 dNucs pool은 IP전에 sample  
 chromatin에 첨가되고, barcoded nucleosome을 capture함으로써 항체 특이성을 모니터링  할수
 있습니다.