• Home
  • About us
  • Log-In
  • Join Us
  • Sitemap
  • Recruit
제품/실험 Q&A
자주묻는질문
자유게시판
실험기법
자료신청
논문자료
클레임 접수
기기 A/S 접수
클레임 진행조회
 제품안내  맞춤 서비스   유전자, 단백질 제작서비스

siRNA Pool 제작서비스

siPOOL은 off-target effect는 낮추고 Knock-down efficiency는 높이는 siRNA Mixture 제작 서비스 입니다.

siTOOL
제품 문의하기
인쇄하기

특징
  • RNAi를 통한 knockdown은 cell의 유전자조작 없이 타겟을 inhibition할 수 있는 간편하고 빠른 방법입니다.
  • Target gene ID를 알려주시면 30개의 siRNA Pool을 제작해 드립니다.
  • 30개의 siRNA가 pMOL단위로 mixture에서 작용하어 off-target 유발 염려를 최소화 하고 specificity를 최적화
  • 기존 siRNA Transfection에 사용하시던 시약을 그대로 이용하시면 됩니다.
  • 잘 디자인된 30개의 siRNA Pool을 사용함으로써 한번의 실험으로 논문 인용 가능. Publication link
  • siRNA sequence information은 요청시 제공 가능.
  • knock-down이 일어나지 않았을 경우, 무료 A/S 제공  

  siPOOL mix 원리

        

  특징

  1. 30개의 복합성의 siRNA: 30개의 복합적인 siPOOL은 개별 siRNA가 매우 낮은 농도로 투여되도록 허용. 이것이 siRNA
     off-target현상을 낮춰줍니다. 

     

   15개 siRNAs이하의 siRNAs를 처리한 경우에는 MAD2-luciferase reporter knock-down (off-target effect)현상이 관찰됨.

 2. 상세한 생물 정보학 기반된 siRNA design: 
     완전한 transcript coverage: 30개의 siRNA로 완벽한 transcript isoform coverage가 가능. siPOOL은 NM과 XM을 모두 
     cover합니다.
     최선의 siRNA thermodynamics:  Guide strand가 RNA-induced silencing complex에 잘 loading될 수 있도록 열역학
     기반으로 한 algorithms로 design합니다.
     Paralogues를 구별: 유사한 서열을 공유하는 유전자들의 경우에는 유사한 부분이 제외되어집니다.

      



   3. 확실한 QC:
      동일 양의 30개 종류의 siRNAs가 siPOOL에 함유되어 있음.
      Polyacrylamide gel electropphoresis (PAGE) purification으로 제작. High purity 보장!



    siPOOLs 개념의 증명

  
1. siPOOLs로 off-target effect를 낮출 수 있습니다.

    
     Transcriptome-wide profiling에 의하면 single siRNA가 여러 off-target genes(red dots)를 유발하는 결과가 나옴.
     반면에 같은 target(green dot)에 대해 siPOOL이 off-target effect를 감소시켰음.

  
   2. 일관적인 on-target knockdown 효율을 보여준다. 

   
      개별 single siRNA는 knock-down 효율의 편차가 큼.
      같은 target에 대해 두 개의 다른 siPOOLs가 비슷한 knockdown efficiencies을 보임.
      (good correlation, R=0.9), single siRNAs가 다양함. (poor correlation, R=0.4)

    3. 효율적인 on-target knock-down

   
   낮은 nanomolar농도에서도 강한 knock-down 효율       100 nM 농도에서 commercial siRNAs의 반
   1 nM농도에서 대부분 siPOOLs (233중 178가 76%)       (541중에 220, 41%) 이 < 70% knockdown
   가> 70%의 gene knockdown 효율을 보여주었음.         효율을 보임, 4% of siRNA 0% activity를 보임.

   4. siPOOLs로 일관적인 phenotypes를 재현할 수 있음.  
     
      
    36 genes screening하였는데 gene당 두개의 siPOOL 과 commercial 3개의 siRNAs로
    cell viability에 대한 phenotype을 분석하였음. siPOOLs가 더 일관적인 phenotype을 보여주었음

   그 외의 siPOOLs의 장점
   
   1. One gene- one siPOOL: 
      1개의 siPOOL로 원하는 knock-down결과를 만들어낼 수 있고 그 data를 바로 논문에 인용가능

   2. 간단한 transfection: 일반 siRNA와 같은 방법으로 transfection가능. siTOOL사 홈피에
      Standard transfection protocol 다운 가능

   3. 요청시 30개의 siRNAs Sequence 정보 제공 가능!

   4. knock-down결과가 안 나왔을시 무료 support 제공 (무료 교환품 제공)

      siTOOL Biotech사 브로셔


   Various application of siPOOLs

 
Case study1: High efficient and paralogue-specific knock-down

 

   0.3 nM에서 siPOOL은 SMARCA2의 95%, 그리고 SMARCA4의 87%를 knock-down하였음. Paralogue-specific한
   siPOOL로 cross-reactivity를 발견하지 못함.

   Case study1-2: Knockdown of long non-coding RNAs:

  
   

    siPOOL가 NEAT1의 long non-coding RNA를 specific하게 knock-down을 위해 제작되었다. NEAT1의 long form만
    target하는 siPOOL이 제작되었는데 N1_2 ASO와 비교하였을 때 더 specific하고 efficient하게 long form을 knock-down
    하는 결과가 나왔음.

    Case Study 2: 시너지 효과를 연구하기 위한 조합 유전자들의 knockdown실험 가능

    
      저농도의 siPOOL로 높은 knockdown효율을 관찰할 수 있으므로 Dual leucine zipper kinase (DLK)와 leucine
      zipper kinase (LZK)의 siPOOLs 동시처리에 대한 Primary retinal gangliocytes survival phenotype을 분석하였고
      Synergistic한 effect를 관찰할 수 있었음 (Welsbie et al. Neuron, 2017).

     Case study 3: siPOOL-resistant rescue contructs도 제공. Further validation이 가능!

    
  

 Premade siRNA sets 제공
   
1) Human kinase library (505 siPOOLs): 1, 0.5, 0.2, 0.1 nmol size로 제공
    2) The siPOOL 20 Cancer Toolbox: 10, 5, 2, 1 nmol size로 제공. 20 cancer genes list